摘要：对于pathway 数据库而言，我们最常见的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息，得到显著富集的几条通路； 对于代谢通路而言，不同的通路之间是会有相互关系的，比如在上游的通路中产生的代谢产物，进入下游的通路继续发挥作用。 pathway和pathway 之间存在一个上下游的关系，所有的pathw
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摘要：官网： https://gephi.org/ 背景： Gephi 是一款开源，免费， 跨平台的的graph 和 network 可视化工具，同时也提供了数据挖掘的相关功能。 安装： # windows 平台，最新版本 0.9.2 # 依赖java 1.8 以上版本 测试： # 启动界面 # 新建工程
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摘要：1） MA图 对于MA图而言， 横坐标为该基因在所有样本中的均值，basemean = （basemean_A + basemean_B ） / 2， 纵坐标为 log2Fold change 其中，pvalue < 0.1 以下的点被认为是差异基因，标记为红色 2) count 图 （单个基因在不
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摘要：通常我们都是直接使用library(pkg_name) 的形式加载R包，在同一台机器上面，对于我们而言，这个包所在的路径一定是在.libPaths() 路面的，但是对于其他用户而言，这个路径可能不存在.libPaths() 里面，此时，就无法正确的加载该R包，为了解决这一问题，可以通过添加 lib.
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摘要：在我们使用别人写好的程序时，经常会使用-h 之类的东西查看一下简单的帮助手册或者说明信息； 对于perl 语言而言，写起来简单，经常随手一写，解决了当时的问题，但是过几天去看，你都不知道这个脚本该怎么调用，是用来做什么的； 为了避免这样的情况，对于常用的脚本，有必要提供较为清晰的帮助文档。 在per
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摘要：TransDecoder 软件是用perl 原因写的，其中包含了一些自定义的模块，通过一个脚本来进行调用，为了能够正常访问自定义的perl 模块， 在其源代码中利用了FindBin 这个模块 FindBin 模块可以有几个内置的变量，其中RealBin 就是当前执行脚本的所在目录，然后把自定义的pe
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摘要：featuresCounts 软件用于定量，不仅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量； 官网 ： http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ 只需要输入re
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