RDP 数据库简介
摘要：在扩增子数据分析中，有时会发现多个OTU 注释到了同一个species , 为什么会出现这种情况呢？ 首先既然在OTU水平能分开，说明序列的相似度小于97%, 同一个物种的同一个基因的片段相似度会小于97%吗？ 答案是肯定的； 对细菌，古菌，真菌来说，在species 水平下面，还有1个strain
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posted @ 2018-01-30 17:33
01 2018 档案
pathway 中几张特殊的通路图
摘要：pathway 的ID 是5个数字的组合，在pathway 数据库中，有几类通路图非常特殊； 1） 第一类， 以 011 开头的通路 共有 01100， 01120， 01130 三张通路图，从外观上看，就和我们常见的通路不一样 这三张其实是总的通路图，里面的每一条线代表的是1个KO
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posted @ 2018-01-19 17:25
HAVANA 团队简介
摘要：在Ensembl 下载的gtf 文件中，会有一部分来源自 HAVANA havana 的全称叫做 human and vertebrate analysis and annotation, 是sager 研究所的1个团队，致力于为人和其他脊椎动物提供高质量的基因和转录本注释，havana 团队使用自
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posted @ 2018-01-16 13:51
R语言三元相图的做法
摘要：通常情况下，对于三维数据，我们会用三维图表来展示，想要从三维图表上观察出一定的规律，需要一定的空间想象力； 而三元相图，其实就是用二维平面的1个等边三角形来表征三维数据，三角形的每一条边对应1个维度，将三维的数据映射到二维平面上，观察起来更加的直观 R语言的vcd 包中提供了 ternaryplot
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posted @ 2018-01-12 16:44
R语言reads.table 自动将字符串变成了逻辑值
摘要：今天遇到了一个问题，文件中有一列的值为全为F, 用read.table 读取的时候，自动将F 变成了false 对于这样的转换，可以通过 colClass 参数控制 colClass 参数指定每一列的类型，numeric, integer, character, logical 等等，只需要将全是F
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posted @ 2018-01-12 14:42
circRNA 中的ALU 重复元件
摘要：circRNA 最初研究的很少，只有很小一部分基因有检测到circRNA, 当时都认为是剪切错误形成的，对于其功能也没人去研究；学者对人类的成纤维细胞进行转录组测序，构建去核糖体文库， 同时采用了RNase酶消化线性RNA 和 不消化线性RNA的两种文库，同时检测circRNA , 最终检测到了25
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posted @ 2018-01-11 21:38
circRNA 在人和小鼠脑组织中的表达
摘要：circRNA 是一类动物体内的内源性的RNA,尽管circRNA的种类丰富，但是其在神经系统中的 功能，并不清楚。科学家通过对人和小鼠的不同脑部组织的RNA 测序，发现了上千种circRNA，经过分析发现，circRNA 在哺乳动物的脑部组织中大量富集，在序列上有一定的保守性，大部分的circRN
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posted @ 2018-01-11 20:52
pca ， nmds , pcoa 图添加分组的椭圆
摘要：对于pca , nmds, pcoa 这些排序分析来说，我们可以从图中看出样本的排列规则，比如分成了几组。 为例样本分组更加的直观，我们可以根据实验设计时的样本分组情况，对属于同一个group的样本添加1个椭圆或者其他多边形。 新版本的ggplot2 中提供了stat_ellipse 这个stat，
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posted @ 2018-01-05 13:06
snopy 数据库简介
摘要：snoRNA ，small nucleolar RNA, 核仁小分子RNA, 是一类在细胞核内的small non-coding RNA, 长度在60-300nt, 其主要功能是调控其他小RNA分子（rRNA, tRNA, snRNA）的化学修饰; snoRNA 根据结构主要分成两种： 1）C/D
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posted @ 2018-01-01 20:06
