perl _DATA_ 文件句柄
摘要：常用的perl 读写文件的操作，我们都很熟悉了，需要先声明1个文件句柄。但是看下面这段代码： while 循环中读取的文件句柄，并没有对应一个实际的文件， 这其实是一种用法，在最下方声明了句柄__DATA__, 在句柄下方是每一行的文件内容， 然后通过DATA 这个句柄，就可以读取到这些内容； 这种
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posted @ 2017-12-27 13:03
12 2017 档案
RNAcentral 数据库简介
摘要：RNAcentral 是EBI 开发的一个非编码RNA的数据库。 网址如下： http://rnacentral.org/ RNAcentral 整合了包括 Ensembl， GENCODE，Greengenes， HGNC， LNCipedia， lncRNAdb， miRbase， NONCOD
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posted @ 2017-12-25 16:26
NR 数据库简介
摘要：目前有很多的数据库都存储了蛋白序列，比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等，在各个数据库之间，或者是在某个数据库中，蛋白序列有大量冗余；为了方便使用，ncbi 构建了nr 库， 全称是 RefSeq non-redundant proteins； Non-redund
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posted @ 2017-12-22 16:27
vegan 包进行Adonis 分析
摘要：Adonis 分析 是基于距离矩阵的多变量方差置换分析， 代码示例： 默认使用bray 距离来计算样本间的距离矩阵 参考资料： https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis https://pdf
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posted @ 2017-12-18 10:51
vegan 包进行 Bioenv 分析
摘要：Bioenv 分析通过 计算样本群落结构的距离矩阵和 环境因子的距离矩阵，计算两个距离之间的相关系数，挑选出最佳的环境因子组合； 默认情况下，计算 群落结构的距离矩阵时， 使用 Bray-Curtis 距离； 计算环境因子的距离矩阵时，使用Euliodean 欧式距离， 计算相关性，则采用 spea
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posted @ 2017-12-15 15:44
miRbase 数据库简介
摘要：miRbase 是miRNA 的数据库，目前最新版本为 release 21, 共有28645 条 miRNA, 第22 版已经完成，即将发布，22版新增了10000 个miRNA, 大多来源于新的物种。 21版的数据库中收录了 223 个物种的miRNA, 根据 phylum 水平分成以下几类：
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posted @ 2017-12-15 13:47
植物 miRNA 研究
摘要：相比动物miRNA 而言， 植物miRNA 的研究相对较少。 植物miRNA 相比动物miRNA , 有以下特点： 1） 植物miRNA 的长度为 21 nt 左右， 动物miRNA 长度在 22 ~ 23 nt; 2) 植物 miRNA 与 靶标转录本几乎完全互补配对，而动物 miRNA 不是；
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posted @ 2017-12-15 11:34
TargetScan 数据库简介
摘要：TargetScan 是一个miRNA 靶基因预测的网站, 包括了 人， 小鼠，果蝇 ， 线虫， 斑马鱼 共5个物种的miRNA 靶基因结果， 人 : TargetScanHuman 小鼠 ：TargetScanMouse 果蝇：TargetScanFly 线虫：TargetScanWorm 斑马鱼
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posted @ 2017-12-14 14:56
miRTarBase 数据库简介
摘要：miRTarBase 是一个手 收集的，经过实验验证过miRNA靶基因的数据库，对于每条miRNA靶基因的记录， 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions （简称MTs） 编号，比如MIRT000012，目前miRTarBase 的版本为V7.0, 2017年9月15号
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posted @ 2017-12-14 13:32
image 和 barplot 的组合
摘要：代码示例： 效果图如下: 需要注意barplot 中space 函数的应用，space 的值为柱子宽度的百分比； 通过ylim 展示y轴的一部分；
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posted @ 2017-12-07 21:02
par函数mgp 参数-控制坐标轴的位置
摘要：mgp 参数的值为长度为3的一个向量，默认值为 c(3, 1, 0); 3个数值控制的元素不同 1) 第一个数值：3， 控制xlab 和 ylab的位置 示例用法： 效果图如下： 注意观察，xlab 和 ylab的位置，从左到右我分别设置了1到3; 从图中也可以看出来，影响的元素的包括xlab, y
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posted @ 2017-12-06 15:52
