R语言绘图时的边界碰撞问题
摘要：当我们在绘图时，经常会遇到这样的问题，添加的文字标记超出了坐标系的问题，导致文字显示不全 比如下面这个例子： 生成的图片如下： 我们想要给右上角的点加个文字标记，但是文字内容太长，超过了坐标系的范围，没显示全 想要解决类似的问题，当然是加大坐标系的范围，但是加到多少合适呢， 最笨的办法就是每次加一点
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posted @ 2017-11-27 11:13
11 2017 档案
R语言绘制花瓣图flower plot
摘要：R语言中有很多现成的R包，可以绘制venn图，但是最多支持5组，当组别数大于5时，venn图即使能够画出来，看上去也非常复杂，不够直观； 在实际的数据分析中，组别大于5的情况还是经常遇到的，这是就可以考虑用花瓣图来进行数据的可视化 比如下面这个例子： 来源于该链接 https://www.resea
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posted @ 2017-11-23 14:14
mothur 计算稀释性曲线
摘要：在微生物分析中，经常使用稀释性曲线来评估测序量是否足够；可以使用mothur 这个软件来完成 rarefaction.single 命令用来做稀释性曲线，既可以对单个样本单独分析，也可以一次对多个样本进行分析 对多个样本进行分析：以shannon 指数为例 需要准备一个shared 文件，share
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posted @ 2017-11-15 13:45
R语言 vegan包计算物种累计曲线
摘要：vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包，其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线 首先看下官方示例： 出来的结果图如下： 那么这幅图表明了什么含义呢？ 首先看下输入数据 我们简单的看一下BCI这个数据，它的每一行代表了一个样本，不同样本采样的地点不同，每一列是1个物种的丰度 最终
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posted @ 2017-11-14 15:12
R语言数据框小技巧
摘要：当我们想要把数据框的行或者列按照指定的顺序排列时，可以通过行名称或者列名称快速排列 现在我想要这个数据框的列按照R2, R3, R1 的顺序排列，这个时候只要按照排序好的列名称取就可以了 或者按照下标排序也可以
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posted @ 2017-11-14 10:42
