tophat-fusion 鉴定融合基因
摘要：tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具，官网链接如下： http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装： tophat-fusion 是集成在tophat软件中的，具体的安装参考tophat的安装
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posted @ 2017-09-29 12:51
09 2017 档案
FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
摘要：RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现，在过去的十几年里，RNA-seq 测序数据不断增加，发现的融合基因的数据也不断增加； FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库，利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据，采用tophat-fusion, soap-fusio
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posted @ 2017-09-26 15:01
rrnDB数据库简介-16S基因多拷贝数的证据
摘要：16S基因作为mark gene在微生物群落结构的研究中发挥中重要作用, 但是候选的mark gene 肯定不止16S 一种，最新比较火热的功能基因，也可以作为mark gene。利用功能基因作为mark gene, 相比16S有什么优势呢？ 在功能基因的文献中指出了两点: 1) 不同物种的16S基
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posted @ 2017-09-22 15:00
perl 读取json 格式的文件
摘要：使用JSON 模块中的 decode_json 函数，将json文件中的数据解码为perl 中的对象，然后进行处理 代码如下： 转换成perl 中的对象之后，就可以处理了，obj 有两种可能的数据结构，一种是数组的引用，另外一种是哈希的引用 会熟练操作这两种数据结构，后面的事情就简单多了！
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posted @ 2017-09-14 13:57
FunGuild 数据库简介
摘要：FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库，目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息； 网址如下： http://www.stbates.org/guilds/app.php 对于数据库而言，最直接的就是看一下数据库中存储
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posted @ 2017-09-14 13:48
cuffquant 定量的结果全部为-nan
摘要：cuffquant 定量的过程中，当所有基因或者转录本的表达量都为0时，定量的结果就回全部是-nan , 而不是0； 出现这种情况有两种原因: 1) 参考基因组搞错了，比对和定量的不是同一个参考基因组，或者gtf 文件和fasta 文件中染色体标识符对应不上，最常见的情况就是，一个以chr开头，一个
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posted @ 2017-09-07 14:52
Iso-seq 必备基础
摘要：Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名；是利用三代测序长读长的特点，不打断转录本，直接测序，从而得到全长转录本的一种测序技术。 对于iso-seq 的分析而言，必须掌握以下几个基本概念： 1）ROI 了解过三
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posted @ 2017-09-04 14:27
html 段落
摘要：在html中，通过<p>来展现段落 效果如下： 可以看到，在段落的前后，自动加入了空行。
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posted @ 2017-09-01 16:39
html 标题
摘要：在html 语言中，通过h1-h6 共6个标签来展现标题，每个标题占一行; 效果如下： 从h1到h6, 文字的大小逐渐变小； 在网页上呈现的时候，会自动在标题的前面和后面加上空行 代码如下： 效果如下：
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posted @ 2017-09-01 16:33
html 简介
摘要：html 叫做超文本标记语言，其中“超文本”，指的是不仅包含文字，还包括了视频，音频，图片，超链接等非文字元素。html 语言是网页编程的基础。 在html 中，定义了各种标签（tag), 通过将各种元素放置在对应的标签中，从而实现特殊的展现形式。 html 最新的标准是html5, 增加了网页上展
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posted @ 2017-09-01 15:23
