mothur trim.seqs 去除PCR引物
摘要：trim.seqs 有以下几个主要应用： 1）根据barcode 拆分序列； 2）去除PCR引物 3） 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列，然后在加至少一个的选项；其选项有很多，下面一一介绍： 1）oligos: 从字面意义看是寡聚核苷酸， 这里是指bar
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posted @ 2017-07-27 15:16
07 2017 档案
QIIME1 聚OTU
摘要：qiime 本身不提供聚类的算法，它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法，分成了3个方向： de novo： pick_de_novo_otus.py closed-reference： pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU：
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posted @ 2017-07-19 12:47
Miniconda 安装测试
摘要：背景： conda 是一个python的计算环境，minicoda 可以看做是conda的精简版 官网： https://conda.io/miniconda.html 安装： miniconda 支持多个操作系统，根据自己的操作系统选择对应的安装包 以 Linux 平台，python 2.7 为例
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posted @ 2017-07-18 13:49
bioerl 获取gi号
摘要：代码示例： 参考资料： http://bioperl.org/howtos/EUtilities_Cookbook_HOWTO.html
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posted @ 2017-07-05 19:00
FunGene 功能基因数据库
摘要：背景：16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究，但是它有一些明显的限制，比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝，而且，由于16S rRNA基因的进化速率较慢，在物种间保守，会存在多个物种的基因完全相同的情况，而且由于基因水平转移的发生，即使亲缘关系较远的物种，也可能出现基因
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posted @ 2017-07-05 10:56
FrameBot 软件安装测试
摘要：背景： FrameBot 用于纠正DNA序列中的插入和缺失，然后正确的翻译成蛋白质序列，frameBot 工具集成在RDPTools 中 源代码： https://github.com/rdpstaff/Framebot 安装： wget wget https://github.com/rdpsta
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posted @ 2017-07-05 08:59
