python subprocess 模块
摘要：subprocess 模块中有一个功能Popen , 可以在代码中调用系统的命令 其功能比os.system 更加强大 代码示例： 上述代码中，首先用shlex.split 函数分割命令行参数，然后将参数传递给Popen 函数，执行对应的系统命令，wait() 函数表示等待系统命令执行结束
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posted @ 2017-06-29 14:51
06 2017 档案
python shlex 模块
摘要：shkex 模块最常见的用法就是其中的split 函数，split 函数提供了和shell 处理命令行参数时一致的分隔方式 代码示例： 在shell 中，对于选项和对应的值之间可以有多个空格，而shlex.split 保持了和sell 一致的处理方式 从上述代码的运行结果，可以看出来
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posted @ 2017-06-29 14:49
python os 模块
摘要：os模块提供了文件系统路径方面的功能 常见用法： 代码示例： 这段代码返回的是python 脚本所在的目录 代码示例： 这句代码返回的是脚本的绝对路径
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posted @ 2017-06-29 14:44
tRNAscan-SE 预测tRNA基因
摘要：tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列，预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可 结果界
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posted @ 2017-06-29 11:16
人类线粒体基因组简介
摘要：线粒体基因组是一个环状的双链DNA分子，包括轻链 L 和 重链 H, 其基因结构在哺乳动物中保守， 以human 线粒体为例， 人类线粒体基因组全长 16,596 bp , 共有13个编码蛋白的基因，根据编码的蛋白可以分成3类： 共有22种tRNA的基因 2种 rRNA 基因： 在人类的线粒体基因组
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posted @ 2017-06-27 17:39
muscle 软件进行多序列比对
摘要：今天在使用muscle 软件进行多序列比对时，发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后，终于发现了问题 muscle 为了追求速度，对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话： 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap 经过测试，我发现
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posted @ 2017-06-27 14:20
interproscan 软件对序列进行GO 注释
摘要：interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对，将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中，每条蛋白质序列有一个唯一的interpro 编号，类似 IPR034725 这种格式，而每条蛋白又有对应的GO注释信息；
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posted @ 2017-06-22 15:15
interpro 数据库
摘要：interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库，提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台，功能注释的内容包括蛋白质家族预测，domain 和 结合位点预测 interoro 在整合多个数据库的同时，去掉了冗余，提供了一个统一的接口，用来对序列进行功能注释；而且还提供了interproscan 这
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posted @ 2017-06-22 10:41
perl 中的引用
摘要：perl 语言中的引用共分为两类： 声明引用时只需要在对象的前面加上反斜杠 第一列是数组的引用： 代码示例： 第二种是哈希的引用 代码示例： 通过引用去访问对应的值，通过 -> 操作符 数组的引用, 通过 [ ] 中括号 加上对应的下标，代码示例： 哈希的引用，通过{} 大括号加上对应的key，代码
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posted @ 2017-06-21 15:32
R语言ggplot2-labs 函数
摘要：labs 函数主要有以下三个用途： 1） 设置图片的标题（title）, 子标题（subtitle）, 引用（caption） 代码示例： 效果图如下： 2） 修改图片的x轴和y轴的标题 代码示例： 效果图如下： 默认情况下，x轴和y轴的标题对应的是数据框中的列名，labs可以对x轴和y轴的标题重新
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posted @ 2017-06-21 09:38
R语言ggplot2中的panel. strip 基本概念
摘要：ggplot2 是一套独立的绘图系统，在一个完整的ggplot2的图表中，会有下面几个概念： 1) plot 2) panel 3) strip 4) legend 所有这些元素都会出现在图表中 代码示例： 效果图如下： 在代码中，通过theme 函数，我为不同的对象设置了不同的填充色，用以区分 从
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posted @ 2017-06-19 13:55
R语言ggplot2 简介
摘要：ggplot2是一个绘制可视化图形的R包，汲取了R语言基础绘图系统(graphics) 和l attice包的优点，摒弃了相关的缺点，创造出来的一套独立的绘图系统； ggplot2 有以下几个特点： 1） 图形映射， 自动化的将数据映射到图形上； 2） 图层叠加， 将不同形状的图表视为图层（laye
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posted @ 2017-06-19 12:52
bioperl 自动化下载genbank 中的序列
摘要：当我们想要从genbank 中下载序列的时候，总需要点击右上角的download 按钮，选择对应的格式，然后通过浏览器进行下载，这样反复的点击很费时间了 其实可以通过bioperl 自动化的完成下载； 代码如下： 这个脚本接受两个参数，第一个参数为 序列对应的编号，第二个参数为输出的目录 以 htt
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posted @ 2017-06-13 15:03
perl 安装Image::Magick 模块
摘要：ImageMagick 是一个处理图片的库，有C, perl, python, java 等多种语言对应的库 在安装perl 对应的Image::Magick 模块之前，首先需要安装 ImgeMagick 已经对应的perl的开发包 代码如下： 当上面两个包安装好之后，就可以通过cpan 安装 Im
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posted @ 2017-06-09 10:55
perl 查看某个模块的安装路径
摘要：perldoc 命令可以查看某个模块的安装路径 命令： 返回值如下：
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posted @ 2017-06-09 10:52
R 语言消除pdf图片的空白
摘要：pdf 函数中，有一个参数onefile , 默认值为TRUE, 表示每张图片占用pdf 中的一页 当遇到pdf的前几页为空白时，是因为画图的代码产生了几张空白的图片 如果要消除前面的空白，只需要设置onefile = FALSE 就可以了，此时后面的图片会覆盖前面空白的图片，就实现了消除空白页的效
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posted @ 2017-06-09 10:48
R语言igraph 包-构建网络图
摘要：igaph 是一个项目，目标是建立一条简单，易用的网络分析工具，有 R, python, C/C++ 等语言的具体实现； 项目主页： http://igraph.org/ 在R语言中，对应的就是 igraph 这个R包 安装： 使用： 对于图 graph 这种数据结构而言，最基本的元素包括节点（no
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posted @ 2017-06-05 13:02
R语言colorRampPalette函数-创建颜色梯度(渐变色)
摘要：在绘热图时，需要将数值映射到不同的颜色上，这时就需要一系列的颜色梯度 colorRampPalette 函数支持自定义的创建一系列的颜色梯度 代码示例： 函数的参数c("blue", "red") 指的是颜色从蓝色渐变到红色，5 代表创建长度为5的颜色梯度 有了颜色梯度之后，我们就可以方便的把数值映
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posted @ 2017-06-02 10:42
PolymiRTS 数据库- miRNA SNP数据库
摘要：背景： miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合，导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译，从而实现转录后调控的作用； 如果在miRNA和 mRNA的结合区域，发生了snp，就可能会影响miRNA和mRNA的结合；导致疾病或者其他的一些变化； 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值； 简介：
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posted @ 2017-06-01 15:47
R绘图系统中的坐标系
摘要：在R语言中，对于图中的点来说，有很多种坐标系来进行定位 举个例子： par(omi = c(1, 1, 1, 1), mai = c(1, 1, 1, 1), mfrow = c(1, 2))plot(1:5)box(which = "plot", col = "red", lwd = 2)box(
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posted @ 2017-06-01 13:03
R绘图系统边框详解
摘要：在R语言的基础绘图系统中，有plot, figure, outer, inner 共4种边框； 这四种边框实际上明确了整个绘图设备的布局 1） outer, 当我们声明一个绘图设备的时候，outer 指的就是这个设备上，下，左，右4个边框 代码示例： 生成的图片如下： 可以看到 outer 边框为整
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posted @ 2017-06-01 10:23
