2017 年 5月随笔档案 - 庐州月光

R语言curve绘图函数

摘要：curve 函数常用于绘制函数对应的曲线，确定函数的表达式，以及对应的需要展示的起始坐标和终止坐标，curve函数就会自动化的绘制在该区间内的函数图像基本用法，代码示例：效果图如下：第一个参数为函数的名称，这里我们选择的是sin 三角函数，后两个参数为对应的起始和终止区间下面详细解释一下每个阅读全文

posted @ 2017-05-31 16:41 庐州月光阅读(29739) 评论(0) 推荐(1) 编辑

R语言boxplot绘图函数

摘要：boxplot 用于绘制箱线图，我们都知道boxplot 用于展示一组数据的总体分布，在R语言中，支持两种输入数据的方式第一种：x ，这个参数指定用于绘制箱线图所用的数据，是一个向量代码示例：效果图如下：第二种，通多formala 和 data 两个参数指定，适合展示多组数据的分布代码阅读全文

posted @ 2017-05-27 17:35 庐州月光阅读(75175) 评论(0) 推荐(2) 编辑

R语言hist绘图函数

摘要：hist 用于绘制直方图，下面介绍每个参数的作用； 1）x: 用于绘制直方图的数据，该参数的值为一个向量代码示例：效果图如下：从图中可以看出，横坐标为不同的区间，纵坐标为落入该区间内的频数； 2） break : 该参数的指定格式有很多种第一种：指定一个向量，给出不同的断点代码示例：效阅读全文

posted @ 2017-05-27 16:13 庐州月光阅读(95693) 评论(0) 推荐(3) 编辑

R语言barplot绘图函数

摘要：barplot 函数用于绘制柱状图，下面对其常用的参数进行一个详细的解释： 1）height ：高度，通过这个参数可以指定要画多少个柱子以及每个柱子的高度，其值有两种格式，第一种：向量 vector，此时会根据向量的长度确定图中有多少个柱子，向量中的每个值就是柱子的高度代码示例：效果图如阅读全文

posted @ 2017-05-27 13:24 庐州月光阅读(81150) 评论(0) 推荐(1) 编辑

smrt analysis 软件安装

摘要：pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来，做成了一个在线的分析软件，类似于galaxy; 安装过程如下，参考官网给的指导手册 http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2 阅读全文

posted @ 2017-05-26 16:20 庐州月光阅读(3320) 评论(0) 推荐(0) 编辑

pacbio 原始下机数据h5 文件简介

摘要：pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据，对于RS 测序系统而言，会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例，看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容：我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件，文件名为 m1207 阅读全文

posted @ 2017-05-26 15:49 庐州月光阅读(2436) 评论(0) 推荐(0) 编辑

HDF5 文件格式简介

摘要：三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5 格式，在做三代数据的分析之前，有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下：https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式，它相对其他的文件格式，肯定是有很多的优点，阅读全文

posted @ 2017-05-26 11:38 庐州月光阅读(7365) 评论(0) 推荐(1) 编辑

perl 函数的参数列表

摘要：在perl中，定义一个函数的时候，不需要在圆括号内指定具体的参数，所有的参数都从@_ 这个列表中得到代码示例：这样写当然没有问题，但是有一点不足之处在于，缺少了圆括号内的形参列表，没法直观的一眼看出这个函数需要几个参数所以perl 中函数定义的时候支持下面这种写法圆括号内的$$不是内置变量的阅读全文

posted @ 2017-05-24 17:34 庐州月光阅读(870) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl 中的哈希赋值

摘要：在perl 中，通过代码动态的给哈希赋值，是最常见的应用场景，但是有些情况下，我们事先知道一些信息，当需要把这些信息存放进一个哈希的时候，直接给哈希赋值就好；哈希的key不用说，就是一个字符串，关键是value, 大概有下面3种： 1）一个值就是一个普通的一维哈希，直接赋值即可代码示例： 2）阅读全文

posted @ 2017-05-24 16:58 庐州月光阅读(7015) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl readlink 函数-返回软链接指向的文件

摘要：readlink 函数专门用于处理链接，可以返回该链接指向的文件的路径代码示例：阅读全文

posted @ 2017-05-24 16:30 庐州月光阅读(1311) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl File::Spec 模块

摘要：File::Spec 模块提供了很多的功能，这里只列举几个常用的函数 rel2abs : 返回一个文件的绝对路径，常见用法，返回当前运行的perl脚本的绝对路径代码示例：其中 __FILE__ 是一个内置变量，代表当前脚本； splitpath : 将文件的路径进行分割，返回值为一个长度为3的阅读全文

posted @ 2017-05-24 16:27 庐州月光阅读(1821) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl 内置操作符 $^O -判断操作系统环境

摘要：今天看bowtie2的源代码的时候，发现有这样一段用法：利用$^O 操作符判断当前操作系统的平台； $^O 支持多种操作系统平台，对于常见的平台，其返回值为：其他的操作系统的返回值可以参见下面的链接： http://perldoc.perl.org/perlport.html#PLATFORMS 阅读全文

posted @ 2017-05-24 16:04 庐州月光阅读(897) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数pch参数-控制点的形状

摘要：pch函数用来控制点的形状，这个参数不仅在par函数中有，在大多数的高级绘图函数中都有。代码示例：效果图如下：从图中可以看出，pch 取不同的值时，点的形状不同。但是 21 和 1 的形状都为圆形，这两个形状相同吗？当然这两个形状不同是不同的，不同之处在哪呢，通过下面这个代码来看效果图如下阅读全文

posted @ 2017-05-23 09:44 庐州月光阅读(1990) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言绘图边框

摘要：在R语言中, 绘图边框一共有3个区域： device region : figure region : plot region : 在描述不同区域大小的时候，有对应的不同参数： din : 返回device region 的宽度和高度，单位为 inches fin : 返回figure regio 阅读全文

posted @ 2017-05-22 12:19 庐州月光阅读(3749) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言绘图边框的单位

摘要：在R语言中指定画图边框时，通常使用两种单位， lines 和 inches 当然，这两个单位之间是可以相互转换的，那么 1 inch = ? line 答案是1 inches = 5 lines 下面给出具体的分析过程： par 函数中有两个参数，返回的是margin的宽度，只不过单位不同： mar 阅读全文

posted @ 2017-05-19 09:10 庐州月光阅读(3422) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Pacbio 纯三代组装复活草基因组

摘要：对于植物等真核生物基因组来说，重复序列，多倍体，高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题；利用二代数据组装出来的基因组，大多达不到完成图的水准，通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域，还是会有很多的区域覆盖不到，而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域，近年来，非编码功能的研究越来阅读全文

posted @ 2017-05-18 14:36 庐州月光阅读(1675) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数usr参数-控制坐标系的范围

摘要：在R语言中，会根据数据的范围自动计算x轴和y轴的范围，举个例子比如绘制一个1到5的散点图：代码示例：生成的图片如下：从图片中我们可以看到，x轴的起始位置比1要小，终止范围比5要大，y轴也是同样的道理，那么x轴和y轴具体的范围是多少呢？这个问题的答案，其实就是usr 参数的值在图片绘制完成之阅读全文

posted @ 2017-05-17 15:04 庐州月光阅读(3543) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数family参数-控制文字的字体

摘要：family用于控制文字的字体，标准的取值范围为serif, sans, mono，其中sans 为默认值基本用法,代码示例： par(mfrow = c(1,3)) par(cex = 1.5 , family = "serif")plot(1:5, 1:5, main = "family 阅读全文

posted @ 2017-05-16 14:51 庐州月光阅读(3809) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数fg参数-控制前景色

摘要：fg参数用来控制前景色，其实指的就是x轴和y轴的轴线和刻度线的颜色在R语言中，会根据fg, col 任何一个参数的值，自动的将两个参数的值设置为相同的值，举个例子：直接R中运行上面的代码，就会发现，如果只指定fg/col 中的一个，另一个参数也会变成同样的值，所以为了准确的区分两个参数的作用，必阅读全文

posted @ 2017-05-16 14:17 庐州月光阅读(815) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数col参数-控制颜色

摘要：col参数用来控制颜色，其实有一些列的颜色相关的参数，都是以col 开头 col : 控制图片中点，文字以及绘图边框的颜色，代码示例：效果图如下：从效果图中可以看出，只有坐标系中的点和文字以及绘图边框的颜色发生了变化 col.main : 控制主标题main 的颜色，代码示例：效果图如下：阅读全文

posted @ 2017-05-16 13:30 庐州月光阅读(1437) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数cex参数-控制文字和点的大小

摘要：cex参数用来控制图片中点和文字的大小，对于一副图片来说，有很多的文字部分，包括x轴标签(xlab), y轴标签(ylab), x轴刻度上的文字, y轴刻度上的文字，主标题（main）, 副标题（sub）以及通过text函数添加的文字对于图片中的点来说，比如散点图中的点，点的大小也是通过cex 参阅读全文

posted @ 2017-05-16 13:09 庐州月光阅读(3713) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数bty参数-控制绘图边框

摘要：bty 可以看作box type 的缩写，控制绘图边框的显示，取值范围为o, l, u, c, ], n 默认值为"o", 代码示例：效果图如下： "l" , 边框的形状和L类似，只绘制x轴和y轴的边框，代码示例：效果图如下： "c" : 边框的形状和字母C类似，只在上，左，下三个方向边绘制阅读全文

posted @ 2017-05-16 11:30 庐州月光阅读(1733) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Uniprot 数据库-最常用的蛋白质数据库

摘要：Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库，包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库；其中swiss-prot 是手工核对过的，非冗余，有详细注释信息的蛋白数据库，也是最常用的数据库；该数据库收录了不同物种的蛋白信息，以人类为例，数据库中可以看到如下阅读全文

posted @ 2017-05-15 10:53 庐州月光阅读(8017) 评论(0) 推荐(1) 编辑

HGNC 数据库-人类基因组数据库

摘要：HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会，负责对人类基因组上包括蛋白编码基因，ｎｃＲＮＡ基因，甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的，标准的，可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为　http://www.genen 阅读全文

posted @ 2017-05-15 10:39 庐州月光阅读(14607) 评论(0) 推荐(0) 编辑

利用KEGG的API获取基因对应的pathway 信息

摘要：KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容，链接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息，以human 为例； 1）第一步，获取每条pathway具体的描述信息对阅读全文

posted @ 2017-05-12 15:43 庐州月光阅读(4816) 评论(0) 推荐(1) 编辑

par函数的xaxt函数-控制x轴刻度的显示

摘要：xaxt 参数控制x轴的刻度以及刻度对应的标签时候显示默认值为‘s’, 表示显示，代码示例效果图如下： n : 代表不显示x轴的刻度和标签，代码示例：效果图如下：阅读全文

posted @ 2017-05-11 17:40 庐州月光阅读(2947) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数的las参数-控制x轴和y轴标签的方向

摘要：las 参数控制x轴和y轴的刻度线上的标签与两条轴的防线，可选值为0,1,2,3 0为默认值，代表始终与刻度线平行，代码示例：效果图如下： 1代表始终处于水平方向，代码示例效果图如下： 2代表垂直于刻度线，代码示例效果图如下： 3代表始终处于竖直方向，代码示例效果图如下：阅读全文

posted @ 2017-05-11 17:21 庐州月光阅读(3546) 评论(0) 推荐(1) 编辑

par函数的bg参数-控制图片的背景色

摘要：bg 参数用于控制图片的背景色，默认为白色代码示例：效果图如下：阅读全文

posted @ 2017-05-11 17:11 庐州月光阅读(609) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数的new 参数-进行图片的叠加

摘要：默认调用高级绘图函数的时候，会另外在绘制一副图，为了将两幅图绘制在同一张纸上，可以设置new = TRUE 代码示例：效果图如下：需要注意的是，前后两幅图数据的区间可能不一致，需要对x轴和y轴进行调整，使两幅图叠加的效果更好阅读全文

posted @ 2017-05-11 17:06 庐州月光阅读(2557) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数的ann 参数-控制图片的注释信息

摘要：ann 参数控制图片的x轴和y轴标签以及标题是否显示默认值为TRUE, 所以图片有对应的信息时，会显示出来，代码示例效果图如下：当设置为FALSE时，图片的标题，x轴和y轴的标签就不会显示，代码示例效果图如下：阅读全文

posted @ 2017-05-11 16:33 庐州月光阅读(863) 评论(0) 推荐(0) 编辑

par函数的adj 参数- 控制文字的对齐方式

摘要：adj 用来控制文字的对齐方式，取值范围为0到1，控制图片中x轴和y轴标签，标题，以及通过text 添加的文字的对齐方式 0表示左对齐，代码示例：效果图如下： 0.5为默认值，表示居中对齐，代码示例：效果图如下： 1代表右对齐，代码示例：效果图如下: 阅读全文

posted @ 2017-05-11 16:23 庐州月光阅读(1071) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

摘要：在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候，大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取，所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可；那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢？在UCSC数据库中，提供了3'UTR区序列的下载，以人类hg19 阅读全文

posted @ 2017-05-03 14:59 庐州月光阅读(16518) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何研究某个gene的ceRNA 网络

摘要：研究人员针对 PTEN 这个关键的抑癌基因，来探究调控该基因表达的ceRNA 网络；分析策略： 1）预测能调控该基因的miRNAs 通过miRanda 软件预测和实验验证相结合的方式，挑选出 miR-17-5p, miR-19a,miR-19b, miR-20a, miR-20b, miR-26a 阅读全文

posted @ 2017-05-02 14:12 庐州月光阅读(2913) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ceRNA 调控机制

摘要：ceRNA 不同于mRNA, lncRNA, ncRNA 等概念，其指的既不是某一种类型的RNA(比如mRNA, lncRNA), 也不是某一类的RNA(如ncRNA); ceRNA 其实指的是不同种类的RNA之间的调控机制，英文名为 competing endogenous RNA , 翻译成中文阅读全文

posted @ 2017-05-02 10:12 庐州月光阅读(4687) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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