摘要：circpedia 中收录了利用circexplorer 软件识别到的circRNA， 覆盖了人，小鼠，鸟类，昆虫多个物种的多种细胞系的数据 官网链接如下： http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/about 对于circRNA的来源基因(通常又叫做paren
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摘要：严格意义上将symbols 并不能算是一个低级的绘图函数，因为它不仅可以在一幅已经存在的图标上添加元素，还可以创建一张新的图表 鉴于它绘图时的灵活性，我把它归入到低级绘图函数中 symbols 可以创建包括圆形， 正方形，矩形，箱线图，类似温度计的图形在内的多种图形 基本用法： 通过x和y坐标指定要
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摘要：grid 函数用来在一张图表上添加网格线， 基本用法：默认在添加刻度线的地方添加网格线 效果图如下： lwd : 设置网格线的宽度 代码示例： 效果图如下： lty : 网格线的类型，默认为虚线 代码示例： 效果图如下： col : 网格线的颜色，默认为 lightgray 代码示例： 效果图如下：
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摘要：axis函数用来在一张图表上添加轴线，区别于传统的x轴和y轴，axis 允许在上，下，左， 右4个方向添加轴线 以x轴为例，一条轴线包含3个元素，水平的一条横线，叫做axis line , 刻度线， 叫做tick line, 对应的标签 labels 基本用法： 通过side 参数设置需要添加的轴线
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摘要：title 函数用来在一张图表上添加标题 基本用法： main 表示主标题，通常位于图像的上方， sub 表示副标题，位于图像的下方， xlab 表示x轴的标签，ylab 表示y轴的标签 效果图如下： 参数设置： col : 设置标题的颜色 cex : 设置标题的文字大小 font : 设置标题的文
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摘要：points 用来在一张图表上添加点，指定好对应的x和y坐标，就可以添加不同形状，颜色的点了； 基本用法： 通过x和y设置点的坐标 效果图如下： 参数设置： cex : 设置点的大小 代码示例： 效果图如下： lwd : 设置点的边框的宽度 代码示例： 效果图如下： pch ： 设置点的形状，取值范
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摘要：text函数用来在一张图表上添加文字，只需要指定对应的x和y坐标，以及需要添加的文字内容就可以了 基本用法： 效果图如下： 支持同时创建多个text标签 代码示例： 效果图如下： 参数调整： col : 设置文字的颜色 代码示例： 效果图如下： cex : 设置文字的大小 代码示例： 效果图如下：
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摘要：rect 函数用来在一张图上添加矩形，只需要指定左下角和右上角的坐标的位置，就可以画出一个矩形 基本用法： 效果图如下： xleft, ybottom, xright, ytop 支持一次设置多个值，同时创建多个矩形，用法如下： 效果图如下： 参数设置： border : 设置矩形边框的颜色，默认为
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摘要：arrows 函数用来在一张图表上添加箭头，只需要分别指定起始坐标和终止坐标，就可以添加箭头了，还可以通过一些属性对箭头的形状，大小进行调整 基本用法： xo, yo 指定起始点的x和y坐标，x1, y1 指定终止点的x和y坐标， 代码示例如下： 效果如下： x0, y0,x1,y1 支持一次设置多
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摘要：abline 函数的作用是在一张图表上添加直线, 可以是一条斜线，通过x或y轴的交点和斜率来确定位置；也可以是一条水平或者垂直的线，只需要指定与x轴或y轴交点的位置就可以了 常见用法： 1）添加直线 水平线： 通过h 参数设置直线与y轴的交点就可以了，代码示例如下： 效果如下： 垂直线： 通过v 参
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摘要：在R语言中，par 函数可以设置图形边距，其中oma 参数设置outer margin, mar 参数设置margin, 这些边距有什么不同呢，通过box函数可以直观的看到 box 默认在当前图形绘制边框，第一个参数which = "plot", 所以在当前图形上绘制边框 which 的值除了plo
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摘要：find_circ 通过识别junction reads 来预测circRNA 和参考基因组比对完之后，首先剔除和基因组完全比对的reads,保留没比对上的reads, 这部分reads 直接比是比对不上基因组的，因为其来自不同的外显子区域，直接比对的话不允许这么大片段的缺失，那么如何区分剪切的sp
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摘要：CIRI 根据circRNA 连接点处的reads来识别circRNA， 在连接点处的reads 其比对情况非常特殊； CIRI 根据3种模型来识别circRNA， 连接点处的read 叫做junction read A) circRNA 由3个外显子环化形成， 由于测序读长的限制，junction
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摘要：在预测circRNA时，都是检测breakpoint 处的reads 数，最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式，给出了起始和终止位置； 对于某一个基因来说，其可能产生的circRNA的类型是多样的，以下图为例进行说明 1） 由单个外显子
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