tRNA 二级结构预测可视化
摘要：tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列，从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构，以人为例 打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search， 物种输入为 human , 然后点击 search da
阅读全文
posted @ 2017-03-27 13:54
03 2017 档案
KO 数据库分类系统介绍
摘要：KEGG Orthology数据库不仅对基因的功能进行了扩充和整理，还对功能进行了细致的分类； 针对基因的功能，共有3级分类，第一级有6个大类； 打开下面这个链接 http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?ko00001.keg， 可以看到 如下所示的一级分类
阅读全文
posted @ 2017-03-24 16:12
KEGG orthology (KO) 数据库简介
摘要：KEGG, 简称京都基因组百科全书，包含了许多的数据库，对于研究基因功能来说，KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库； KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因，会把和其同源的基因所有基因都归为一类，就是每一个KO, 并赋予一个K number, 用该基因的
阅读全文
posted @ 2017-03-23 16:20
python PIL 库处理文件
摘要：通过PIL库提供的API接口可以很方便的处理图像，功能十分强大； 最近有一个替换png背景色的需求，替换背景色的同时又不能够覆盖原来的文字，之前利用perl 的CD 模块一直没能够正确处理，最终用PIL 成功的解决了问题 思路就是读取一个文件中的像素点，把背景色对应的像素点全部替换成新的颜色就可以了
阅读全文
posted @ 2017-03-20 16:21
利用Graphviz 可视化GO 数据库
摘要：GO是一个同源蛋白的数据库，按照三大类别BP(生物学过程), MF(分子功能), CC(细胞组分) 对基因的产物-蛋白质进行了分类； 在GO数据库中，本质上是一个有向无环图的数据结构，在三大类别之下，又有小的分类层级，一层一层的分类下去； 对于某个具体的GO号来说，代表了一组同源蛋白，拥有相似的结构
阅读全文
posted @ 2017-03-15 16:46
Graphviz 对网状结构进行可视化
摘要：Graphviz 是一款开源的，免费的图结构的可视化软件，只需要描述清楚图中的顶点，边的信息，Graphviz 可以自动化的对图进行布局，生成对应的图片； Graphviz 采用DOT 的这种语言来描述图中的信息； 对于图这种数据结构来说，分为有向图和无向图，本质就是图中两个节点之间的关系有没有方向
阅读全文
posted @ 2017-03-15 16:21
FusionMap 检测融合基因
摘要：定义：融合基因是指两个或者多个基因联合起来，一起转录形成一个转录本； 检测的意义：融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记，比如 bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中； AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中； CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo
阅读全文
posted @ 2017-03-09 14:30
嵌合体序列
摘要：嵌合体序列由来自两条或者多条模板链的序列组成，示意图如下： 在PCR反应中，在延伸阶段，由于不完全延伸，就会导致嵌合体序列的出现，以上图为例， 在扩增序列X的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部分X序列延伸阶段就结束了，在下一轮的PCR反应中，这部分序列作为序列Y的引物接着延伸，扩增就会形成X和Y的嵌
阅读全文
posted @ 2017-03-03 16:52
