seqtk 的安装和使用
摘要：seqtk 是一款针对fasta/fastq 文件进行处理的小程序，有很多的功能，速度很快，很方便； 源代码：https://github.com/lh3/seqtk 安装： git clone https://github.com/lh3/seqtk cd seqtk make 测试： seqtk
阅读全文
posted @ 2017-02-17 14:23
02 2017 档案
cutadapt 的安装与使用
摘要：cutadapt 是一款质量过滤的软件， 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列；也可以用来去除低质量序列 源代码： https://github.com/marcelm/cutadapt/ 官方文档：http://cutadapt.readthedocs.org/en/st
阅读全文
posted @ 2017-02-16 13:57
C语言简单选择排序
摘要：如果要将数组从小到大排列，简单选择排序的过程是首先从数组中选一个最小的元素放到第一位； 然后从剩下的元素中在选一个最小的元素，放到第二位，依次类推
阅读全文
posted @ 2017-02-14 15:40
C语言冒泡排序
摘要：冒泡排序的核心是判断两个相邻元素的位置是否和要求的一致，如果不一致，交换相邻元素的位置
阅读全文
posted @ 2017-02-14 15:12
统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件
摘要：二代测序的分析过程中，经常需要统计原始下机数据的数据量，看数据量是否符合要求；另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标； 在kseq.h 的基础上稍加改造，就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能，而且速度非常的快 源代码保存为 parse.c , 然后编译
阅读全文
posted @ 2017-02-14 14:56
C语言插入排序
摘要：插入排序的过程和斗地主时整理扑克牌的过程是类似的，对于一张新的扑克牌，从第一张手牌开始依次比较，如果位置合适，就在这个位置插入新的扑克牌； 有两点比较关键的地方： 1) 判断何时需要插入； 2）插入新的元素后，在插入位置之后的所有元素的位置都会改变，变成之前的元素；
阅读全文
posted @ 2017-02-14 14:30
