03 2016 档案

利用kseq.h parse fasta/fastq 文件
摘要：在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数， 但是没有找到一些专门做这件事的小工具，可能是这个功能太简单了； 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息， 当fastq文件非常大时，就变的很慢； 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件，用C写的， 速度 阅读全文

posted @ 2016-03-22 17:01 庐州月光 阅读(1948) 评论(0) 推荐(0) 编辑

BWT转换对字符串进行编码
摘要：今天看了下bowtie 的论文， 里面描述了BWT转换的过程和bowtie的比对算法； NGS测序数据的数据量非常大， 为了更快的处理， 通常需要对数据进行压缩；而BWT实际上就是一种数据转换方法， 将原始序列经过BWT转换后， 可以更方便的进行压缩；而且BWT转换是一个可逆的转换，能够根据转换后的 阅读全文

posted @ 2016-03-07 16:44 庐州月光 阅读(2295) 评论(0) 推荐(0) 编辑

bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列
摘要：今天运行tophat2的时候看到下面这条记录： [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowti 阅读全文

posted @ 2016-03-02 11:41 庐州月光 阅读(3027) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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