samtools faidx 命令处理fasta序列
摘要：samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列 用法： samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的
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posted @ 2016-02-19 12:56
02 2016 档案
人类基因组在三大基因数据库中的不同版本
摘要：在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列，这时有很多数据库可以选择，比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库，或者该物种特有的数据库， 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种，编号不统一，在这里整理一下它们之间的关系
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posted @ 2016-02-14 17:49
