circso 对数据进行可视化
摘要：circos可以用来绘制圈图，能够对染色体上的数据进行可视化，首先需要一个染色体的文件 染色体的文件如下，每列之间空格分隔 chr - chr1 1 0 227556264 chr1 chr - chr2 2 0 192460366 chr2 chr - chr3 3 0 192294377 chr
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posted @ 2016-01-29 15:50
01 2016 档案
perl 面向对象编程
摘要：今天看到一个perl面向对象编程的例子，充分体现了如何对数据进行封装；自己模仿写一个读取配置文件的例子, 配置文件的内容如下samtools_binary = /usr/bin/samtools用=分隔，保存了每个软件可执行文件的绝对路径;下面用perl 模块进行配置文件的读取, 模块名为confi...
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posted @ 2016-01-20 16:36
R read.table函数的check.names参数
摘要：今天用cummeRbund 对cuffdiff的结果进行可视化， 一直报错，之前跑的好好的，找了半天原因， 原来出现在read.table这个函数上；read.table有一个参数check.names , 其默认值为TRUE,它会自动将变量名转换成唯一的字符型向量其通过调用make.names函数...
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posted @ 2016-01-19 10:43
perl 实现ascall 码转换
摘要：今天需要在perl中实现一个字母表， 总不能把26个字母一个一个写出来，于是查资料，可以利用ascii码转换把数字转换成对应的字母chr函数可以利用ascii编码把数字转换成对应的字母perl -e 'print map {chr} 65..91;'
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posted @ 2016-01-15 16:52
perl 利用管道读取压缩文件内容
摘要：perl的文件句柄不仅支持普通文件， 还支持管道，今天需要统计一个fastq文件中的序列数和碱基数，而NGS的fastq文件一般都是gzip压缩的，所以需要读取压缩文件中的内容，代码如下：my ($fastq) = @ARGV:my ($reads, $bases) = cal_sequence_i...
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posted @ 2016-01-15 16:09
perl 字符串比较操作符
摘要：perl 中数字和字符串的比较操作符是不一样的 ；其中 == 用于比较数字是否相等；eq 用于比较字符串是否相等；今天找程序里的bug,结果就是这个操作符用错，哎，赶紧记一下！
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posted @ 2016-01-14 14:06
perl chomp 函数的真正作用
摘要：之前一直以为chomp函数只是去掉字符串末尾的\n, 但是今天写程序遇到一个bug,最后的原因就处在chomp上；读取fasta文件,内容如下：>1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT>2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT>3ATGCATGCTATACA...
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posted @ 2016-01-13 14:04
RSQLite 操作sqlite数据库
摘要：RSQLite 可以在R中方便的创建sqlite数据库，并进行检索， 这个R包依赖于DBI包github 上的地址：https://github.com/rstats-db/RSQLitegithub上的简介详细的介绍了如何用RSQLite 创建一个数据库并检索数据基本用法：library(RSQL...
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posted @ 2016-01-10 16:38
R 中的do.call 函数
摘要：do.call 函数是一个高阶函数， 其第一个参数为一个函数名，或者匿名函数，第二个参数是一个list 对象， 其实是参数列表比如读取文件test.txt, 内容为read.table(input, sep="\t")可以写作do.call(read.table, list(file="test.t...
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posted @ 2016-01-08 17:52
R语言中的标准输入，输出， 错误流
摘要：在R中，stdin() 对应标准输入流 ， stdout() 对应标准输出流，stderr() 对应标准错误流1) 从标准输入流中读取数据在R的交互式环境中，R>a <- read.table(stdin())0:a1:b2:c按ctrl + D 结束输入，但是这个好像只在交互式环境中有用，在Rsc...
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posted @ 2016-01-08 17:40
Perl Spreadsheet::WriteExcel 模块自动生成excel 文件
摘要：Spreadsheet::WriteExcel 是一个跨平台的生成excel文件的模块， 可以方便的设置单元格内容， 样式， sheet 的名称；但是默认情况下中文会乱码， 需要用Encode模块进行编码转换；#!/usr/bin/perluse warnings;use strict;use Sp...
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posted @ 2016-01-03 11:40
