摘要：准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件，碱基编码格式为phred64;@FC12044_91407_8_200_406_24NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA+FC12044_91407_8_200_406_24SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ@F...
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摘要：今天用fastx_tookit 时遇到问题， 我的fastq 文件的碱基质量值格式为phred33, 而fastq_tookit 默认碱基质量值的格式为phred64,所以报错了，提示我的fastq文件中包含非法的碱基质量值，逗号逗号的在ascii 码表中对应的十进制数字为44， 按照phred 3...
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摘要：下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/windowmasker/在这个目录下其中windowmasker 为linux 平台的可执行文件windowmasker 只需要根据基因组序列本身，就可以识别并标记高重复序列和低复杂度序列，其有两种工作模式，...
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摘要：今天安装一个pandoc, 官方只提供了一个deb 的二进制包，为了在redhat 上安装,需要将deb 包转换成rpm 包。使用工具alien ：http://ftp.de.debian.org/debian/pool/main/a/alien/选择最新版本的alien 源代码包下载安装wget ...
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摘要：1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装， 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 从github下载源代码，进行安装 由于访问不了google code,又
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摘要：cython 的主要用途是加速python 代码的执行速度，手段有很多种，最简单的一种就是将变量声明成静态类型：比如用python 代码写的计算素数的函数，最大计算1000个：def primes(kmax): p = range(1000) res = [] if kmax >...
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摘要：python 是一门动态类型的语音，其开发速度比C，C++等静态语言块， 但是速度慢很多， 而cython 通过混合C和python 的语法，可以提高python代码的运行速度1） 安装cython直接通过pip install cython 安装2） 测试cython的源代码文件的后缀名为.pyx...
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摘要：通过sys 模块的sys_info可以返回当前python 的版本信息， 其返回值是一个元组， 比如（2, 6， 6， 'final', 0）;表示当前版本为2.6.6 , 我们可以利用这个变量的值判断python版本；#!/usr/bin/pythonimport sysif sys.versio...
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摘要：首先，安装activeperl ，安装过程中勾选自动添加PATH环境变量，这样安装后就不需要自己手动修改PATH环境变量；通过cmd 调出命令行窗口，输入ppm ,然后回车，就开启了perl 的包管理器，点击 仓库按钮， 在仓库中搜索Tk模块，然后右键，选择intall, 然后点击右上方的绿色箭头图...
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摘要：最近一直在用perl 写CGI，自己写的表达样式很丑， 决心好好看下前端的一些基本知识，先从html开始1）标题：h1， h2, h3, h4, h5, h5标题为快级元素，自己独占一行，其后面的元素会另起一行2) 段落p段落为块级元素，3) 强调：em: 默认斜体strong : 默认加粗span...
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摘要：grep 从文件中筛选出 包含指定的字符或者正则表达式的行；默认只打印匹配到的行，比如一个文件 test.txt, 其内容为：abcdefghijklgrep a test.txt, 输出内容为:abc指定了-A参数后可以输出匹配行以及后面的几行grep -A 3 a test.txt, 输出内容为...
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摘要：最近php7的消息铺天盖地， 忍不住想尝试下。星期天看了下语法， 写个小脚本练下手；这个脚本读取fasta 文件， 输出序列的长度和GC含量；/", $line)) { if ($id) { $meta[$id] = $seq; ...
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摘要：#!/usr/bin/perl -wuse warnings;use strict;my $usage = qq{$0 input_fastq trim_length};die "$usage\n" if scalar @ARGV != 2;my ($fastq, $trim_length) = @...
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