R的卸载和更新安装
R包经常会遇到各种版本不兼容的毛病,比如当前的版本相较于包,新了/旧了都是麻烦
而升级R软件呢,最麻烦的就是之前安装的包怎么办?
搜罗了以下几种方法:
方法1:
(1)直接安装新版本
(2)然后复制旧版本的library中的文件夹到新版本的library文件夹下,粘贴。
如果中间跳出有重名的,就不覆盖(基础包是需要最新的)。
(3)打开新版的R,输入:
update.packages()
默默等待更新即可
(不过我其实不建议这种方式,他会不断的跳出来,让你选择y/n/c 是/否/取消)
直接选择程序包——更新程序包,应该就可以了吧?
方法2
使用installr包
![](https://images2015.cnblogs.com/blog/917868/201703/917868-20170309210246828-232096242.png)
所以,还没开始,似乎结局已经注定
![](https://images2015.cnblogs.com/blog/917868/201703/917868-20170309210247203-105974341.png)
![](https://images2015.cnblogs.com/blog/917868/201703/917868-20170309210247469-659825627.png)
如果是这样,我不知道其意义何在呢?
不过呢,按照其他参考资料而言,应该还是很简便的
(参考资料的发布时间最在的在2014,晚一点的也在2015,看来这个包也是经过了不少改动啊)
http://wanglongqi.github.io/r/2014/11/04/installR/(Posted on 04 Nov 2014)
方法3
在旧版本下的控制输入:
olib <- installed.packages()[,"Package"]
save(olib, file="oldRpackages.txt",ascii=T)
也就是,在旧版本下,读入了所有已安装的扩展包
我将后缀名保存为txt,并设置ascii参数为T,是为了能打开,打开能识别编码。恩,最好使用editplus打开,不然直接用txt,格式看起来混乱。
上述语句要在卸载旧版本之前运行,然后,上述语句运行完,会在当前的工作空间(getwd()查看)文件下生成一个oldRpackages.txt文件
安装新的R,然后在新的R中输入:
> load("oldRpackages")
> chooseCRANmirror() #我先选择设置镜像,才出现此代码
> tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])
> biocLite(tobeinstalled)
错误: 没有"biocLite"这个函数
使用??biocLite,也是not fund
但事实上不是这样的,输入:(这是因为,他们所用的镜像,是生物信息自己的镜像,会加载包)
load("oldRpackages")
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.3/bioc/bin/windows/contrib/3.3/BiocInstaller_1.22.1.zip'
Content type 'application/zip' length 58128 bytes (56 KB)
downloaded 56 KB
The downloaded binary packages are in
C:\Users\xuan\AppData\Local\Temp\Rtmp6dKreM\downloaded_packages
Bioconductor version 3.3 (BiocInstaller
1.22.1), ?biocLite for help
tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])
biocLite(tobeinstalled)
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.3 (BiocInstaller 1.22.1), R 3.3.0
(2016-05-03).
Old packages: 'Rcpp', 'survival'
Update all/some/none? [a/s/n]: a(自己输入选择)
报错了........
综上所述,我觉得,在方法2可用的情况下,可以使用2 ,否则,我还是更愿意使用方法1.
卸载,进入安装文件,找到unins000.exe
![](https://images2015.cnblogs.com/blog/917868/201703/917868-20170309210248109-1276183755.jpg)
卸载完后,library文件夹还会残留下来,但是,此时残留的仅仅是扩展包,其他的核心基础包,都木有啦。
安装:
![](https://images2015.cnblogs.com/blog/917868/201703/917868-20170309210248719-285762330.png)
(我手贱,一开始自己选了Plain text,结果帮助文档是在一个控制台一样的窗口输出的,不方便啊,无法缩放,窗口切换也麻烦)
![](https://images2015.cnblogs.com/blog/917868/201703/917868-20170309210249281-617918099.png)
苍茫大海,旅鼠它来!