摘要：
^\(.*\)\t\(.*\)\t\S\+\t\S\+\(\n.*\)\+\n\2\t\1 #!/usr/bin/perl use warnings; use strict; open IN,"; my %name_hash; while(){ chomp; my @line_list=split/\t/; $name_hash{"$line_list[0]$lin... 阅读全文
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Linux环境下如果我们执行过多，qstat命令查看任务时就会比较混乱，下面是我的习惯做法： qstat命令获取全部运行任务 grep筛选出jobid，也可以根据特定的任务名筛选 cut命令以空格为分隔符，获取第二列jobid编号 xargs命令将jobid一个一个的传给echo，其中 -I {}参 阅读全文
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在操作文件的时候我们可能需要找到两个文件的交集、并集或补集，Linux系统下可以用一个简单的命令实现--comm命令，不同于diff命令，它需要事先排好序，但不是一行一行的比较差异，下面是帮助文档说明 阅读全文
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有一个文件我只想要里面的部分样本数据，文件结构如下： 要抓取的样本名： AWK实现： 部分结果展示： 处理过程是 先根据要挑选的样本名索取在文件第一行对应样本名的下标 然后根据样本下标提取每行信息 阅读全文
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import MySQLdbdef executeSql(sql): print sql host = configOthers["sql_host"] port = int(configOthers["sql_port"]) user = configOthers["sql_user"] pwd = configOthers["sql_pwd"] ... 阅读全文
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做为流程维护者，最怕的就是把脚本给误删了，误删一次保准啥毛病都能给你治好，那么如何安全的删除文件呢 经过多次痛的领悟后，我在一个目录下建一个垃圾箱文件夹，每次删除文件时先扔垃圾箱里，第二天再清空 这之后我的脊背好多了，再没有血涌上窜热热的感觉了 阅读全文
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在处理fasta序列时，常常会遇到一条序列多行排列的现象，如下所示： 我的一个简单处理方法是，【整体读入-->分隔符分割为列表-->字符串合并列表】，代码如下： 打印结果为： 阅读全文
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Python字典可以一个键对应一个数组或者另一个字典，一般用法如下：键对应数组： dict.setdefault(key,[]).append(value)实例： >>> dict={} #初始化字典 >>> dict.setdefault("a",[]).append("A") #格式化字典 >>> dict {'a': ['A']} >>> dict.setdefault("a",[]).... 阅读全文
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linux 和 vim 环境下 Ctrl + s 锁定屏幕 Ctrl + q 解锁 阅读全文
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代码如下: 会在while(<IN>)这一行报错：Modification of a read-only value 这是因为while循环里默认变量也是$_,循环外和循环内$_内容不一致，程序就会试图改变read-only value 一般多层循环，只让最内层用默认变量 阅读全文