2017年11月24日

数据t转换
摘要： #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open my $fh,"a.out"; open OUT,">a_t.out"; my (@array,$i,$j,$value); while (<$fh>){ my @temp = split; push @a 阅读全文
posted @ 2017-11-24 14:19 Vermont 阅读(172) 评论(0) 推荐(0)

2017年8月15日

Including R code in perl
摘要： #example: use Statistics::R;#use R in perlmy $R = Statistics::R->new() ;$R->startR ;$R->send(qq`x1<-fisher.test(matrix(c(919,82,29946,3264),ncol = 2)) 阅读全文
posted @ 2017-08-15 00:44 Vermont 阅读(108) 评论(0) 推荐(0)

2017年5月3日

Multiple plot function
摘要： From: http://www.cookbook-r.com/Graphs/Multiple_graphs_on_one_page_(ggplot2)/ library(ggplot2) multiplot(p1, p2, p3, p4, cols=2) # Multiple plot funct 阅读全文
posted @ 2017-05-03 23:06 Vermont 阅读(199) 评论(0) 推荐(0)

2017年4月1日

Simple circos code
摘要： According to the tutorials (http://circos.ca/documentation/tutorials/), to draw a graph using circos, at least three files needed. Download the softwa 阅读全文
posted @ 2017-04-01 00:00 Vermont 阅读(275) 评论(0) 推荐(0)

2017年3月28日

scripts of perl
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2017-03-28 03:22 Vermont 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)

2017年3月22日

parallel::ForkManager
摘要： use Parallel::ForkManager; my $MAX_PROCESSES=10; #申明最大进程数（一次创建的进程越多，越耗内存）； my $pm = new Parallel::ForkManager($MAX_PROCESSES); #创建一个实例； #系统中始终保持处理的进程数 阅读全文
posted @ 2017-03-22 00:33 Vermont 阅读(1276) 评论(0) 推荐(0)

2017年3月21日

NeedlenamWunsch alignment in perl
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2017-03-21 11:09 Vermont 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)

2017年3月18日

sort_gff.py
摘要： import sysinfile = sys.argv[1]outfile = sys.argv[2]gff_list = []fh = open(infile)for x in fh: if x[0] == '#': continue y = x.strip().split('\t') gff_l 阅读全文
posted @ 2017-03-18 03:23 Vermont 阅读(172) 评论(0) 推荐(0)

2017年3月9日

Tajima's D
摘要： Three ways to assess the nucleotide diversity (heterozygosity).The first is mean pairwise difference ∏, the average number of differences between pair 阅读全文
posted @ 2017-03-09 05:20 Vermont 阅读(1379) 评论(0) 推荐(0)
calculate TajimaD in perl
摘要： #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; =pod this perl script is used to compute tajima's D Former of tajimaD.tmp.txt is : chr position #sampled #de 阅读全文
posted @ 2017-03-09 01:17 Vermont 阅读(843) 评论(0) 推荐(0)
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