05 2022 档案
摘要：渗滤器 Percolator 是一种使用半监督机器的算法 学习提高正确和不正确频谱之间的区分 标识。 比赛来自 搜索诱饵数据库提供 分类器的负例，以及 来自目标数据库的高分匹配提供 正面的例子。 Percolator 训练机器学习 一种称为支持向量机 (SVM) 的算法来区分 通过将权重分配给多个
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摘要：搜库原理 我们再回到质谱数据分析的流程上。下图是一个简单的搜库过程，左边是wet lab实验，右边是计算机处理的过程， 蛋白样品酶解后得到复杂的肽段混合物，经过色谱分离，进入质谱，得到一级及二级离子信息。我们在搜库时，输入的是上万张二级谱图，以及相应的一级谱图信号，和母离子的精确质荷比。 那么，我们
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摘要：鸟枪法蛋白质组学数据集肽识别的半监督学习 鸟枪法蛋白质组学使用液相色谱-串联质谱鉴定复杂生物样品中的蛋白质。我们描述了一种算法，称为Percolator，用于提高从串联质谱收集的可靠肽识别率。Percolator使用半监督机器学习来区分正确和虚假光谱识别，相对于完全监督的方法，正确地将肽分配给来自胰
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摘要：鼠Q Exactive HF-X Thermo Scientific 四极杆-轨道阱混合型TM质谱仪Q Exactive HF-X LTQ Orbitrap Velos 第一次选的参数不对，选的库也不对，库选得Mus musculus 第二次改了改成homo
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摘要：如果您没有时间阅读这个简短的教程，以下是最重要的注意事项： 您无法搜索原始数据； 它必须转换为峰值列表。 搜索参数很关键，应该通过运行标准来确定，例如 BSA 摘要。 如果您不确定要搜索哪个数据库，请从 Swiss-Prot 开始。 如果您使用分类过滤器或搜索单个生物数据库，请在搜索中包含污染物数据
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摘要：介绍 序列查询，其中一个或多个肽分子 质量与序列、组成和碎片离子相结合 数据，可能是最强大的搜索。 通常 序列信息的来源是解释 MS/MS 谱图。 虽然很难确定一个完整的 和来自 MS/MS 光谱的明确肽序列，它是 通常可以找到一系列提供 3 或 4个可靠序列数据的残基。 这种通用方法是由 Mann
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摘要：如果您没有时间阅读这个简短的教程，以下是最重要的注意事项： 您无法搜索原始数据； 它必须转换为峰值列表。 搜索参数很关键，应该通过运行标准来确定，例如 BSA 摘要。 如果您不确定要搜索哪个数据库，请从 Swiss-Prot 开始。 如果您使用分类过滤器或搜索单个生物数据库，请在搜索中包含污染物数据
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摘要：Mascot 使用基于概率的评分。 这使得一个简单的 用于判断结果是否显着的规则。 使用质量值（肽质量或 MS/MS 碎片离子质量）进行匹配 总是按概率处理 基础。 总分是观察到的匹配是 随机事件。 直接报告概率可能会令人困惑。 部分原因是他们 包含非常广泛的量级，并且还因为“高”分数是 “低”概率
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摘要：说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由上海易算生物科技有限公司CEO沈诚频博士所授。 主要知识点： --DIA数据非依赖性采集 --搜库原理及技巧 --蛋白质组学相关的数据库及使用方法 --总结 DIA数据非依赖采集 在上一篇推文，
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摘要：说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由上海易算生物科技有限公司CEO沈诚频博士所授。 主要知识点： --同位素对质谱分析的影响 --原始谱图的处理 --什么是b-y离子 回顾 image 在接着讲今天的关键问题之前，我们先来列一下质
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摘要：说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由上海易算生物科技有限公司CEO沈诚频博士所授。 主要知识点： --质谱数据格式 --结果报告的质控 --DDA模式的工作原理 质谱数据格式 话说，蛋白质质谱从十几年前就形成了固定的数据结构和格式
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摘要：说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。 主要知识点： --质谱仪的使用与维护 --纳升液相系统的使用与维护 --液质联用系统的检查和保养 --质谱运行状态的评估 质谱仪的使用与维护 之前我们讲到了
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摘要：说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。 主要知识点： --液相色谱仪及组成 --液质联用技术 液相色谱仪 1906年，一位叫Tsweet的俄国科学家，发现了这么一个现象：在一个玻璃管里放了一些碳酸
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摘要：说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。 主要知识点： --质谱仪性能参数：检测限、线性范围、分辨率和质量准确度 --串联质谱类型及工作原理 --质谱辅助系统 质谱仪性能参数 我们作为质谱仪的使用者
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摘要：说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。 主要知识点： --什么是质谱仪 --质谱仪的分类介绍：磁质谱仪、飞行时间质谱仪、四级杆质谱仪、离子阱质谱仪、FTICR和Orbitrap 什么是质谱仪 为了
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