1.首先创建ID列表和表型文件用gwas5.sh进行FarmCPU和MLM进行关联分析(mvp_p_k.r),同时计算了PCA。
2.用lddecay.sh计算vcf的ld，储存在lddecay文件夹
3.用annovar对vcf进行注释，得到hmp.txt文件
4.通过比较QQ图发现FarmCPU模型更好，对FarmCPU得到的SNP按照阈值为0.000001进行过滤
5.用fst.sh计算籼稻粳稻中的遗传结果
6.magma基因关联分析以及finemap候选分析
7.LD范围内的gene分析