GWAS + 选择进化 代码
摘要：library(tidyverse) fst = choose.files() fst1 = read.table(fst, header = T) head(fst1) fst2 = fst1 %>% select(1,2,3,6) %>% top_frac(0.05,wt = MEAN_FST)
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gwas流程
摘要：1.首先创建ID列表和表型文件用gwas5.sh进行FarmCPU和MLM进行关联分析(mvp_p_k.r),同时计算了PCA。 2.用lddecay.sh计算vcf的ld，储存在lddecay文件夹 3.用annovar对vcf进行注释，得到hmp.txt文件 4.通过比较QQ图发现FarmCPU
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从significant snp 的LD 范围内的SNP，进行finemap定位分析
摘要：#!/bin/bash #set -Eeuo pipefail if [ $# -lt 2 ] then echo "par1 is vcf,par2 is pvalue,sample_size=297" exit fi #vcftools --vcf $1 --freq --out ${1}maf
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利用peak_snp，找其LD块，并找到其中的基因，然后将LD中的SNP信息变成finemap软件的输入格式
摘要：#!/bin/bash #LD PLOT #author lee echo"par1 is vcf,par2 is top_chr" Genome=/public/home/caisl/lee/genome/rice/msu.gff3 while read chr pos do pos_up=$((
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群体结构：ld分析和画图
摘要：#PBS -N q338 #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -q middle cd $PBS_O_WORKDIR ./lddecay.sh 338 ####lddecay.sh如下 #!/bin/bash #lddecay,annovar if [ ! -d "lddecay"
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R语言画图-曼哈顿图-来源网络
摘要：#安装方法： # 设置安装源为清华大学TUNA镜像站点 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua
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交互或批量计算区间内基因数目(while read)
摘要：###1.交互状态 #!/bin/bash #count genes in region,need three para #author lee if [ $# -ne 3 ] then echo "Usage chr start end" else num=$(awk -v chr=$1 -v s
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曼哈顿图绘制-qqman-CMplot-ggplot（强推）-多个性状-区间放大-批量注释（更改SNP名称为基因名，或添加新列进行自定义注释）
摘要：if(!require("qqman"))install.packages("qqman") if(!require("CMplot"))install.packages("CMplot") library(qqman) #library(CMplot) library(tidyverse) set
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统计文件某列各项或某项出现次数(VCF文件中每个染色体信息)
摘要：#!/bin/bash grep -v ^# $i|awk '{sum[$1+=1]END{for(i in sum)print i"\t" sum[i]}' >chr_info #按大小排序 sort -n chr_info #某列求和 awk '{sum +=$2;END {print sum}
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LDdecay按照染色体分开画
摘要：.: read.table("Fig_chr1_wild_africa.bin")->data1read.table("Fig_chr2_wild_africa.bin")->data2read.table("Fig_chr3_wild_africa.bin")->data3read.table("
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plink-pca分析
摘要：#！/bin/bash plink --bfile ../cold/cold.filter --pca 2 --out 2pc https://zhuanlan.zhihu.com/p/357759550 向mrMLM包中添加主成分，需要加两行header
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群体结构分析admixture
摘要：#PBS -N admixture #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -q middle cd $PBS_O_WORKDIR for K in {1..15}; do ~/biosoft/dist/admixture_linux-1.3.0/admixture -j12 --c
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从ID到GWAS
摘要：#!/bin/bash #use id to keep vcf and hmp #author leee #time 2021.8.23 echo "Input ID_file as args1 and Phenofile as args2!" >>${1}.log echo "Your ID_fi
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mrMLM-qsub
摘要：注意表型首行使用标签<Trait> 脚本mrmlm.r #!/public/home/caisl/biosoft/miniconda3/envs/r4.1/bin/R library('mrMLM') mrMLM(fileGen='184.hmp.txt',filePhe='pheno',Genfo
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从基因到单倍型-水稻GWAS
摘要：单倍型分析 ###1.根据GWAS结果找到一系列基因 推荐使用rMVP,mrMLM等R语言包，速度快，直接出图 ###2. 对得到的结果利用snpEff或者annovar进行注释 注意选择对应的基因组文件（及染色体chr1/1) 为了搭配后面用的candihap软件，这里使用annovar进行注释
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