初学生信——双端测序原理

参考：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/61963366

一、目的

讲解二代测序如何从很短的reads拼接为一个完整的基因组（双端测序，如何对 paired-end 进行拼接）

 

二、单端测序

测序中最简单的办法，只有一种测序引物，使得PCR只能沿着这个引物的方向进行，所有的reads都只能按照一个方向进行读取。但是这带来了一些问题，以illumina为例，测序的质量会随着测序的进行而下降，所以reads越向后越不准确；后来，研究者们想出来的解决办法就是双端测序，对一个长为500bp的序列，单端测序下游质量会很差，但是从两个方向上分别测250bp-300bp然后再拼接起来，就可以大大提高测序的准确率了。

三、双端测序

双端测序的接头序列比较复杂，首先在两个方向上分别进行测序，就需要有两个不同方向的测序引物（下图Rd1 SP和Rd2 SP）；其次，为了区别两个方向的reads（分为read1和read2），其中一个测序引物前面要添加一小段index序列进行标记。

 

在双端测序中，每一个read的长度都要超过整个待测序列的一半。所以。可以根据两个reads重合的部分进行拼接：