Jellyfish: 快速统计长序列中每个K-mers出现次数

 

 

Jellyfish: 快速统计长序列中每个K-mers出现次数

 

 

一个老工具，2011 发表于Bioinformatics，目前引用1018次。因为需要用所以看了一下原文。

Jellyfish，是此研究开发的，可以快速统计长序列中每个K-mers出现次数的软件。

基于K-mers的应用很广，包括基因组组装、测序读长的错误纠正、快速多序列比对、重复检测、引物设计等等。

因此对K-mers的高效统计对提高效率十分重要。

Jellyfish可并行运算，快速的统计不超过长度31个碱基的K-mers。软件基于C++，下载地址为：

http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish

总的来说，Jellyfish相较之前的软件占用内存低一个数量级，而速度则高一个数量级。

目前Jellyfish已经更新到了2.0版本，最近一次更新是2015年更新到Jellyfish 2.2.3。2.0版本最大的优化是不再限制K-mers的长度。

下载及使用见：

http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html#Release

Github上也有说明文档：

https://github.com/gmarcais/Jellyfish/tree/develop/swig

目前jellyfish也已经被写入到了Python, Ruby和Perl中。

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