limma, edgeR, deseq2,genefilter计算差异R包的foldchange方法差别

 

 差异计算对应生信分析非常重要

 limma,genefilter 包计算差异,数据一定要转log, 因为 这两个包计算差异使用的方法是  mean(As)-mean(Bs)   , 也计算是  logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 

     这也是为什么这两个包算出来的结果直接是logfoldchange .

 deseq2 包计算差异使用的是raw readscount,整数数据类型,计算差异的方法为 log(mean(As)/mean(Bs)), 是常规理解的平均值的比值.