随笔分类 -  Bioinformatic

摘要:Jellyfish: 快速统计长序列中每个K-mers出现次数 一个老工具,2011 发表于Bioinformatics,目前引用1018次。因为需要用所以看了一下原文。 Jellyfish,是此研究开发的,可以快速统计长序列中每个K-mers出现次数的软件。 基于K-mers的应用很广,包括基因组 阅读全文
posted @ 2023-04-15 08:56 xiaojikuaipao 阅读(78) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:该软件的使用非常方便,一般使用默认参数就可以出不错的结果。主要分为以下几步: 起始:在之前设置的虚拟环境中创建一个项目文件夹。以后我将把这个项目文件夹称为 SWGA_FOLDER(但您可以而且应该为您的项目命名一个合适的名称!) $ mkdir SWGA_FOLDER $ cd SWGA_FOLDE 阅读全文
posted @ 2023-04-15 06:41 xiaojikuaipao 阅读(255) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Heng Li's blog Archive Categories Pages Tags On the definition of sequence identity 25 November 2018 Sequence identity is a way to measure the similar 阅读全文
posted @ 2023-01-21 16:16 xiaojikuaipao 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://mutalyzer.nl/ https://varnomen.hgvs.org/recommendations/general/ 阅读全文
posted @ 2022-11-13 19:24 xiaojikuaipao 阅读(46) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks(二)临床数据下载 名本无名 1 人赞同了该文章 获取临床信息 TCGAbiolinks 还提供了一些用于查询、下载和解析临床数据的函数,GDC 数据库中的包含多种不同的临床信息,主要包括: indexed clinical: 使用 XML  阅读全文
posted @ 2021-11-23 11:38 xiaojikuaipao 阅读(1661) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:原生態 蛋白组学定量值得比较说明 1. Maxquant的iBAQ和LFQ,该用哪个?我们使用Maxquant做Label Free蛋白质组学定量分析的时候,在Maxquant的参数设置时,会遇到两个参数,LFQ和iBAQ,那么,选择哪个好呢?如果你都选上,在最终的proteingroups.txt 阅读全文
posted @ 2021-10-12 09:26 xiaojikuaipao 阅读(905) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:每个蛋白在每个组内的表达稳定性,就是它在这个组内有多少outlier值。 剔除outlier后p值算法: 1.针对某个蛋白把其在某个组的样本的表达值从小到大分为了4个部分,其中1/4处的值记为Q1,2/4处的值记为Q2,3/4处的值记为Q3;四分位距 IQR=Q3-Q1; 2.小于Q1-1.5(IQ 阅读全文
posted @ 2021-09-17 18:04 xiaojikuaipao 阅读(679) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (下面摘录一部分)。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章(ht 阅读全文
posted @ 2021-09-16 22:38 xiaojikuaipao 阅读(794) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Illumina测序什么时候会测序到接头序列? 生信宝典 2020-12-09 23:58:45 888 收藏 5文章标签: css html sms https js版权 什么是插入片段?在NGS基础 - 高通量测序原理中提到过文库的构建,具体如下图 图中黑色片段即为我们的插入片段。根据测序用途不 阅读全文
posted @ 2021-08-27 11:04 xiaojikuaipao 阅读(388) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:循环肿瘤DNA,即 ctDNA(circulating tumor DNA),是指肿瘤细胞经外泌体、细胞坏死或凋亡释放进入循环系统中的DNA。ctDNA 可作为肿瘤生物标记物,我们通过检测血液中的 ctDNA,就能够追踪到肿瘤在血液中的踪迹。 目前ctDNA的分析方法主要有三种:以 ARMS 为代表 阅读全文
posted @ 2021-07-29 10:42 xiaojikuaipao 阅读(4094) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:vim字符串替换 原文:http://bbs.chinaunix.net/thread-2045191-1-1.html vi/vim 中可以使用 :s 命令来替换字符串。以前只会使用一种格式来全文替换,今天发现该命令有很多种写法(vi 真是强大啊,还有很多需要学习),记录几种在此,方便以后查询。 阅读全文
posted @ 2021-07-01 17:04 xiaojikuaipao 阅读(1871) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:R包ropls的偏最小二乘判别分析(PLS-DA)和正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA) Original 生信小白鱼 鲤小白 小白鱼的生统笔记 2020-01-08 收录于话题 #多变量的降维分析35 #聚类和分类23 R包ropls的PCA、PLS-DA和OPLS-DA在代谢组学分析中经常可 阅读全文
posted @ 2021-04-09 12:05 xiaojikuaipao 阅读(19110) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式。表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等。BCF格式文件是VCF格式的二进制文件。 CHROM [chromosome]: 染色体名称。 POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如 阅读全文
posted @ 2021-03-02 16:56 xiaojikuaipao 阅读(456) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的 weixin_33830216 2017-06-25 18:15:00 270 收藏 1 版权 如下图片所示: 对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C 想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是 阅读全文
posted @ 2021-02-05 23:56 xiaojikuaipao 阅读(226) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:PCR(聚合酶链式反应)技术的基本原理 类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性→退火→延伸三个基本反应步骤构成: ①模板DNA的变性:7a686964616fe78988e69d8331333366303738模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使 阅读全文
posted @ 2020-05-29 17:14 xiaojikuaipao 阅读(9939) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:conda的安装与使用(2019-6-28更新) 122018.10.09 21:10:20字数 2,098阅读 245,921 2019-6-28 update: 增加删除、重命名conda环境的操作2019-6-17 update: 普大喜奔!清华恢复了conda的镜像!清华🐮🍺!附上最新的 阅读全文
posted @ 2020-05-27 10:02 xiaojikuaipao 阅读(3590) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的 阅读全文
posted @ 2020-05-26 13:44 xiaojikuaipao 阅读(3076) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:转自生信菜鸟团,如有侵权j,请联系微信:biozhangz进行删除. GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手 Posted on 2018年11月26日 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果,比如说乳 阅读全文
posted @ 2020-04-11 18:45 xiaojikuaipao 阅读(3446) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:差异计算对应生信分析非常重要 limma,genefilter 包计算差异,数据一定要转log, 因为 这两个包计算差异使用的方法是 mean(As)-mean(Bs) , 也计算是 logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 这也是为什么这两个包算出来的结果直接是lo 阅读全文
posted @ 2020-04-10 23:55 xiaojikuaipao 阅读(2041) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:你终于会做截断图了,可审稿人说不让做,怎么破 https://www.sohu.com/a/166996029_170798 数据可视化真是一个蛮头疼的问题,你不停地寻找最恰当的表达方法,让好不容易做出来的实验显得更惊艳。但有时候你踏破铁鞋终于找到了,做好了,写完文章投出去了,突然审稿人提了一些出乎 阅读全文
posted @ 2020-04-02 17:48 xiaojikuaipao 阅读(1217) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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