萧飞IDO

摘要： CLUSTAL 2.0.12 Multiple Sequence Alignments >> HELP NEW << NEW FEATURES/OPTIONS ==UPGMA== The UPGMA algorithm has been added to allow faster tree cons 阅读全文

摘要： 简介 top命令是Linux下常用的性能分析工具，能够实时显示系统中各个进程的资源占用状况，类似于Windows的任务管理器。 top显示系统当前的进程和其他状况,是一个动态显示过程,即可以通过用户按键来不断刷新当前状态.如果在前台执行该命令,它将独占前台,直到用户终止该程序为止. 比较准确的说,t 阅读全文

摘要： The BLAST Databases Last updated on January 12, 2015 This document describes the BLAST databases available on the NCBI FTP site under the /blast/db di 阅读全文

摘要： 1. Velvet的安装 Velvet用于基因组的de novo组装，支持各种原始数据，包括Illumina的short reads和454的long reads。 首先下载velvet的安装包，直接使用make命令来编译，即可获得可执行主程序velveth和velvetg。安装如下： 值得注意的是 阅读全文

摘要： Velvet简单介绍： velvet是一款常用的基因组拼接软件，与soapdenovo一起常用于二代测序数据的处理，相对于soapdenovo拼接的完整性更好。他能同时支持fasta、fastq格式的数据，同时支持多个文库的数据同时使用。 其工作的一般过程简化为：输入short read序列，排除错 阅读全文

摘要： 1、环境变量(PATH) 在Linux中，在执行命令时，系统会按照PATH的设置，去每个PATH定义的路径下搜索执行文件，先搜索到的文件先执行。 我们知道查阅文件属性的指令ls 完整文件名为：/bin/ls(这是绝对路径)， 那你会不会觉得很奇怪："为什么我可以在任何地方执行/bin/ls这个指令呢 阅读全文

摘要： Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head test.sam", 阅读全文

摘要： 一、正则表达式特殊变量：1、$n :包含上次模式匹配的第n个子串2、$& :前一次成功模式匹配的字符串3、$` :前次匹配成功的子串之前的内容4、$’ :前次匹配成功的子串之后的内容5、$+ :前一次使用括号的模式匹配的字符串. 二、文件句柄特殊变量:1、$| :如果设置为零,在每次调用函数writ 阅读全文

摘要： perl中的INC变量中包含了所有的perl module的查找路径。 可以使用perl -V 来查看INC的值。 1）默认地INC如下： @INC: C:/Perl/site/lib C:/Perl/lib . 2）设置环境变量PERL5LIB来增加到INC，例如： set perl5lib=c: 阅读全文

摘要： 转自：http://www.mike.org.cn/blog/index.php?load=read&id=643 Perl 到了第五版增加了模块的概念，用来提供面向对象编程的能力。这是 Perl 语言发展史上的一个里程碑。此后，广大自由软件爱好者开发了大量功能强大、构思精巧的 Perl 模块，极大 阅读全文