2017年2月21日

[samtools] sam格式与bam格式互换，提取未匹配reads，转为fastq
摘要： Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head test.sam", 阅读全文
posted @ 2017-02-21 16:12 萧飞IDO 阅读(6573) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[Perl] 内置特殊变量
摘要： 一、正则表达式特殊变量：1、$n :包含上次模式匹配的第n个子串2、$& :前一次成功模式匹配的字符串3、$` :前次匹配成功的子串之前的内容4、$’ :前次匹配成功的子串之后的内容5、$+ :前一次使用括号的模式匹配的字符串. 二、文件句柄特殊变量:1、$| :如果设置为零,在每次调用函数writ 阅读全文
posted @ 2017-02-21 14:22 萧飞IDO 阅读(206) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[Perl] 模块搜索路径变量 @INC
摘要： perl中的INC变量中包含了所有的perl module的查找路径。 可以使用perl -V 来查看INC的值。 1）默认地INC如下： @INC: C:/Perl/site/lib C:/Perl/lib . 2）设置环境变量PERL5LIB来增加到INC，例如： set perl5lib=c: 阅读全文
posted @ 2017-02-21 14:21 萧飞IDO 阅读(1416) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[Perl] 关于模块安装的几种方法
摘要： 转自：http://www.mike.org.cn/blog/index.php?load=read&id=643 Perl 到了第五版增加了模块的概念，用来提供面向对象编程的能力。这是 Perl 语言发展史上的一个里程碑。此后，广大自由软件爱好者开发了大量功能强大、构思精巧的 Perl 模块，极大 阅读全文
posted @ 2017-02-21 14:08 萧飞IDO 阅读(394) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[Linux] 磁盘使用情况查看
摘要： linux中df命令的功能是用来检查linux服务器的文件系统的磁盘空间占用情况。可以利用该命令来获取硬盘被占用了多少空间，目前还剩下多少空间等信息。 Usage: df [OPTION]... [FILE]...Show information about the file system on w 阅读全文
posted @ 2017-02-21 10:36 萧飞IDO 阅读(283) 评论(0) 推荐(0) 编辑
【Linux】查看指定目录下的每个文件或目录的大小
摘要： du命令 一、du的功能 `du` reports the amount of disk space used by the specified files and for each subdirectory (of directory arguments). with no arguments,` 阅读全文
posted @ 2017-02-21 10:09 萧飞IDO 阅读(1203) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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