摘要：
为了简化问题，假设有3张芯片，每组数有9个探针：Data：2,4,6,7,9,10,4,7,8,39,5,3,2,5,7,9,10,3,126,4,3,2,7,8,1,2,6,9一、给3组数取2的对数Log2Data：1.0,2.0,2.5849626,2.807355,3.169925,3.321... 阅读全文
摘要：
affyPLM包可以对芯片原始数据进行拟合回归，最后得到芯片权重（Weights）残差（Residuals）图、相对对数表达（RLE，Relativelogexpression）箱线图、相对标准差（NUSE，Normalizedunscaledstandarderrors）箱线图以样品GSM28... 阅读全文
摘要：
一组探针是否能被检测到，可以用检测值来表示。simpleaffy包的detection.p.val方法默认alpha1=0.05，alpha2=0.065。检测值小于alpha1为A（无，Absent），介于alpha1和alpha2之间为M（不确定，MarginalPresent），大于alp... 阅读全文
摘要：
RNA降解是影响芯片质量的一个很重要的因素，因为RNA是从5’开始降解的，所以理论5’的荧光强度要低于3’。RNA降解曲线可以表现这种趋势。以样品GSM286756.CEL和GSM286757.CEL为例：library(affy)rawDatatabmax.num891011131415162... 阅读全文
摘要：
一、大部分的基因都有beta-action基因和GAPDH基因，很多Affymetrix芯片都将它们设为一组观察RNA降解程度的内参基因。mRNA是按照5’至3’的顺序来降解的，通过比较它们3’相对于中间或者3’相对于5’的信号强度，可以很好地指示出试验质量。二、beta-action基因对应的探针... 阅读全文
摘要：
为了验证杂交的质量，Affymetrix公司加入了两类嵌入探针组：一、poly-A内参：包括lys、phe、thr、dap对应的探针组名称为：AFFX-r2-Bs-lys-3_at、AFFX-r2-Bs-dap-3_at、AFFX-r2-Bs-phe-3_at、AFFX-r2-Bs-thr-3_s_... 阅读全文
摘要：
R语言里的image方法可以绘制CEL文件的灰度图像。我们先来讨论image这个的函数：如：x0则R=255，这样就不会超出范围了。这样每个探针都有着对应的灰度了。以左上角为坐标（0,0），给每个探针绘制一个像素，得出了以下这张图：这张图的质量高很多。放大这张图的左上角：“GeneChipHG-... 阅读全文
摘要：
相比DAT文件，网络上更支持CEL级别的文件。CEL已经把DAT图像转换成数据了，而且CEL比DAT所占空间小得多。介绍一下CEL文件的格式，CEL文件有文本文件（TextCelFile，版本3）、BinaryCelFile（二进制文件，版本4）、GenericCelFile（普通文件，版本1）... 阅读全文
摘要：
DAT是芯片的原始扫描图像，如下图：注：这两张图来自《BayesianInferenceforGeneExpressionandProteomics》。A是U95Av2芯片的DAT图像，它包含640*640个特征。B放大了A的左上角，可以看到“GeneChipHGU95A”字样。上图中探针强度越... 阅读全文
摘要：
有一篇文章“Evolvinggene/transcriptdefinitionssignificantlyaltertheinterpretationofGeneChipdata”，提到了“OurresultsdemonstratethattheoriginalAffymetrixprobese... 阅读全文