摘要：
RMA算法分三步：一、背景校正（没精力写了）二、归一化（没精力写了）三、计算表达值假设有5张芯片，这些芯片的某个探针组包含5个探针，它们的表达值如下： GeneChip 4 8 6 9 7 3 1 2 4 5Probe 6 10 7 12... 阅读全文
摘要：
一、版本3描述version版本号，设为3Cols列数Rows行数TotalX和Cols一样TotalY和Rows一样OffsetX无用，设置为0OffsetY无用，设置为0GridCornerUL左上角的XY坐标GridCornerUR右上角的XY坐标GridCornerLR右下角的XY坐标Gri... 阅读全文
摘要：
访问：https://github.com/BiGCAT-UM/affyQC_Module，点击“DownloadZIP”，下载得到affyQC_Module-master.zip，解压得到一个affyQC_Module-master文件夹，打开affyAnalysisQC.R：修改：DATA.DI... 阅读全文
摘要：
聚类广泛用于数据分析。去年研究了一下R语言聚类树的绘图原理。以芯片分析为例，我们来给一些样品做聚类分析。聚类的方法有很多种，我们选择Pearson距离、ward方法。选择的样品有："GSM658287.CEL","GSM658288.CEL","GSM658289.CEL","GSM658290... 阅读全文
摘要：
做芯片PCA主成分分析可以选择使用affycoretools包的plotPCA方法，以样品"GSM363445_LNTT.CEL"、"GSM362948_LTT.CEL"、"GSM363447_LNTT.CEL"、"GSM362949_LTT.CEL"、"GSM363449_LNTT.CEL"、... 阅读全文
摘要：
Affymetrix阵列包含一些控制探针组，用“AFFX”、“INTRON”、“EXON”注释。一、一些芯片的控制探针组是用“AFFX”开头的，没有“INTRON”和“EXON”探针组，如“HG_U95Av2”。获取“HG_U95Av2”的“AFFX”探针组名：library(affy)cdfn... 阅读全文
摘要：
为了简化问题，假设有3张芯片，每组数有9个探针：Data：2,4,6,7,9,10,4,7,8,39,5,3,2,5,7,9,10,3,126,4,3,2,7,8,1,2,6,9一、给3组数取2的对数Log2Data：1.0,2.0,2.5849626,2.807355,3.169925,3.321... 阅读全文
摘要：
affyPLM包可以对芯片原始数据进行拟合回归，最后得到芯片权重（Weights）残差（Residuals）图、相对对数表达（RLE，Relativelogexpression）箱线图、相对标准差（NUSE，Normalizedunscaledstandarderrors）箱线图以样品GSM28... 阅读全文
摘要：
一组探针是否能被检测到，可以用检测值来表示。simpleaffy包的detection.p.val方法默认alpha1=0.05，alpha2=0.065。检测值小于alpha1为A（无，Absent），介于alpha1和alpha2之间为M（不确定，MarginalPresent），大于alp... 阅读全文
摘要：
RNA降解是影响芯片质量的一个很重要的因素，因为RNA是从5’开始降解的，所以理论5’的荧光强度要低于3’。RNA降解曲线可以表现这种趋势。以样品GSM286756.CEL和GSM286757.CEL为例：library(affy)rawDatatabmax.num891011131415162... 阅读全文
摘要：
一、大部分的基因都有beta-action基因和GAPDH基因，很多Affymetrix芯片都将它们设为一组观察RNA降解程度的内参基因。mRNA是按照5’至3’的顺序来降解的，通过比较它们3’相对于中间或者3’相对于5’的信号强度，可以很好地指示出试验质量。二、beta-action基因对应的探针... 阅读全文
摘要：
为了验证杂交的质量，Affymetrix公司加入了两类嵌入探针组：一、poly-A内参：包括lys、phe、thr、dap对应的探针组名称为：AFFX-r2-Bs-lys-3_at、AFFX-r2-Bs-dap-3_at、AFFX-r2-Bs-phe-3_at、AFFX-r2-Bs-thr-3_s_... 阅读全文
摘要：
R语言里的image方法可以绘制CEL文件的灰度图像。我们先来讨论image这个的函数：如：x0则R=255，这样就不会超出范围了。这样每个探针都有着对应的灰度了。以左上角为坐标（0,0），给每个探针绘制一个像素，得出了以下这张图：这张图的质量高很多。放大这张图的左上角：“GeneChipHG-... 阅读全文
摘要：
相比DAT文件，网络上更支持CEL级别的文件。CEL已经把DAT图像转换成数据了，而且CEL比DAT所占空间小得多。介绍一下CEL文件的格式，CEL文件有文本文件（TextCelFile，版本3）、BinaryCelFile（二进制文件，版本4）、GenericCelFile（普通文件，版本1）... 阅读全文
摘要：
DAT是芯片的原始扫描图像，如下图：注：这两张图来自《BayesianInferenceforGeneExpressionandProteomics》。A是U95Av2芯片的DAT图像，它包含640*640个特征。B放大了A的左上角，可以看到“GeneChipHGU95A”字样。上图中探针强度越... 阅读全文
摘要：
有一篇文章“Evolvinggene/transcriptdefinitionssignificantlyaltertheinterpretationofGeneChipdata”，提到了“OurresultsdemonstratethattheoriginalAffymetrixprobese... 阅读全文
摘要：
有了探针排布图像的基础，我们就可以更好地理解CDF文件了。假如每个探针的位置用一个坐标表示，以左上角为（0，0），那么整张芯片的坐标就如下图（行数n必须等于列数m，这里共有n*m个探针）：0,01,02,03,0…m,00,10,20,3…0，n那么这些探针怎么根据坐标对应到探针组呢？我们来看C... 阅读全文
摘要：
R语言软件arrayanalysis（http://arrayanalysis.org/）提供了绘制探针排布图像的方法，读者可通过该图像更好地理解芯片的设计。图中的黑/灰色代表普通探针的PM、MM探针，深蓝/浅蓝色代表控制探针的PM、MM探针，红色代表无定义的探针（非PM，非MM）。不过用Jav... 阅读全文
摘要：
基因芯片主要分为双通道cDNA芯片和高密度寡核苷酸芯片。双通道cDNA芯片：每个微阵列产生两个探针水平的数据集（红色通道和绿色通道）。高密度寡核苷酸芯片：每个微阵列产生一个探针水平的数据集。一些探针是匹配探针（Perfectmatch，PM），一些探针是错配探针（Mismatch，MM。不过有些芯片... 阅读全文