04、DAT图像文件

　　DAT是芯片的原始扫描图像，如下图：

注：这两张图来自《Bayesian Inference for Gene Expression and Proteomics》。A是U95Av2芯片的DAT图像，它包含640*640个特征。B放大了A的左上角，可以看到“GeneChip HG U95A”字样。上图中探针强度越大，图像越偏暗（黑）。

 

那么DAT图像要经过什么处理才得到每个探针的荧光强度呢？我们来看下图：

　　注：这三张图来自《Bayesian Inference for Gene Expression and Proteomics》。A是一对探针对，注意PM探针强度总是大于MM探针强度。B是PM探针的放大。C是B图去掉最外层的一圈。在这里，每个探针（特征）的边长大约是20微米，而扫描结果大约是3微米/像素，所以每个探针（特征）的边长大约是7微米。去掉最外层的像素后，我们取剩下的25个像素来进行强度的评估，取平均值来作为该探针（特征）的荧光强度了，该值会被写入CEL文件中，用来做后续的计算。

 

 

参考文献：

《Bayesian Inference for Gene Expression and Proteomics》