01、探针分布图

　　R语言软件arrayanalysis（http://arrayanalysis.org/）提供了绘制探针排布图像的方法，读者可通过该图像更好地理解芯片的设计。图中的黑/灰色代表普通探针的PM、MM探针，深蓝/浅蓝色代表控制探针的PM、MM探针，红色代表无定义的探针（非PM，非MM）。不过用Java可以得到质量更高的图像，如以下是型号为HG-U133A_2的探针分布图像（图1，Java作图）：

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　图1

 

放大这张图的左上角（图2，Java作图）：

 

可看到以黑/灰色为主体，说明绝大多数的探针属于普通探针。黑灰色一行一行相间，黑色行在与之对应的灰色行的上方，说明了PM、MM探针是成对出现的，而且PM总是在与之对应的MM的上方，如下图（说明：25-mer，在第13个位置错配）：

 

PM ------AATTGGGTCAGAAGGACTCCTATGTGGGTG------

MM ------AATTGGGTCAGAACGACTCCTATGTGGGTG------

 

在图中也可看到，蓝色（深蓝/浅蓝）部分是分散开来的（不过仍然成对出现），这些是控制探针，它们并没有和来自同一个探针组的探针聚集在一起。