摘要： 用pigz代替gzipBy yejr on 03 十二月 2012pig是个啥东东？官网：http://zlib.net/pigz一句话简介：A parallel implementation of gzip for modernmulti-processor, multi-core machine... 阅读全文

摘要： 即使是移动应用界面的原型设计，导航的形式也可以多种多样。尽管尺寸小，又必须紧凑排列大量数据，它们似乎受到了紧密的约束，但依然有着形形色色的选择。人们曾经一度只会考虑一种形式——流行且广泛使用的垂直导航，即侧边栏。尽管如此，还有其他可以提升用户体验的形式，会让用户浏览你的APP变成小菜一碟。列表型菜单... 阅读全文

摘要： 最近在摆弄数据离散度的时候遇到一种图形，叫做盒图(boxplot)。它对于显示数据的离散的分布情况效果不错。盒图是在1977年由美国的统计学家约翰·图基(John Tukey)发明的。它由五个数值点组成：最小值(min)，下四分位数(Q1)，中位数(median)，上四分位数(Q3)，最大值(max)。也可以往盒图里面加入平均值(mean)。如上图。下四分位数、中位数、上四分位数组成一个“带有隔间的盒子”。上四分位数到最大值之间建立一条延伸线，这个延伸线成为“胡须(whisker)”。由于现实数据中总是存在各式各样地“脏数据”，也成为“离群点”，于是为了不因这些少数的离群数据导致整体 阅读全文

摘要： 什么是标准差（standard deviation）呢？根据国际标准化组织（ISO）的定义：标准差σ是方差σ2的正平方根；而方差是随机变量期望的二次偏差的期望，这个就不用解释了。 什么是标准误差（standard error）呢？看了些文献，有的还是大牛的，定义都不统一，通常来说有两种定义方式： 1、样本容量为的标准误差是样本的标准差除以。ps：这里还有人用样本的标准差除以n来作为标准误差（估计是弄错了，不过标准误差是基于总体均值来估计标准差，所以也没有必要说人家错）； 2、一个统计量的标准误差还可以用估计误差的标准差来刻画即：。 下边来自编辑学报郝拉娣的《标准差与标准误》，相关性也... 阅读全文

摘要： 一开始用lattice包，感觉在多元数据的可视化方面，确实做得非常好。各种函数，可以实现任何想要实现的展示。 barchart(y ~ x)y对x的直方图bwplot(y ~ x)盒形图densityplot(~ x)密度函数图dotplot(y ~ x)Cleveland点图(逐行逐列累加图)histogram(~ x)x的频率直方图qqmath(~ x)x的关于某理论分布的分位数-分位数图stripplot(y ~ x)一维图，x必须是数值型，y可以是因子qq(y ~ x)比较两个分布的分位数，x必须是数值型，y可以是数值型，字符型，或者因子，但是必须有两个"水平"xy 阅读全文

摘要： 最近经常要画好看的盒形图，还要在上面加入散点，所以总结了两个方法。第一种方法是，利用beeswarm函数：library(beeswarm) beeswarm 蜜蜂群图http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/r_function?p=beeswarm&f=beeswarm可以结合盒形图展示。有多种布局方法method = c("swarm", "center", "hex", "square")，通过spacing = 1来控制点的密集程度另一个方法是，利用jitter函数加入随机波动： 阅读全文

摘要： 一,cmake 变量引用的方式:前面我们已经提到了,使用${}进行变量的引用。在 IF 等语句中,是直接使用变量名而不通过${}取值二,cmake 自定义变量的方式:主要有隐式定义和显式定义两种,前面举了一个隐式定义的例子,就是 PROJECT 指令,他会隐式的定义_BINARY_DIR 和_SOURCE_DIR 两个变量。显式定义的例子我们前面也提到了,使用 SET 指令,就可以构建一个自定义变量了。比如:SET(HELLO_SRC main.SOURCE_PATHc),就 PROJECT_BINARY_DIR 可以通过${HELLO_SRC}来引用这个自定义变量了.三,cmake 常用变量 阅读全文

摘要： 一、基本使用安装：下载二进制包后可直接解压使用从源码安装则执行命令：./bootstrap; make; make install——尝试执行bootstrap失败使用：cmake dir_path，生成工程文件或makefile文件二、概念out-of-sourcebuild，与in-source build相对，即将编译输出文件与源文件放到不同目录中；三、基本结构1，依赖CMakeLists.txt文件，项目主目标一个，主目录中可指定包含的子目录；2，在项目CMakeLists.txt中使用project指定项目名称，add_subdirectory添加子目录3，子目录CMakeLists 阅读全文

摘要： 1. Velvet的安装Velvet用于基因组的de novo组装，支持各种原始数据，包括Illumina的short reads和454的long reads。首先下载velvet的安装包，直接使用make命令来编译，即可获得可执行主程序velveth和velvetg。安装如下：$ wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz$ tar zxf velvet_1.2.10.tgz$ cd velvet_1.2.10$ make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=57& 阅读全文

摘要： R语言常用函数基本一、数据管理vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框c：连接为向量或列表 length：求长度 subset：求子集seq，from:to，sequence：等差序列rep：重复 NA：缺失值 NULL：空对象sort，order，unique，rev：排序unlist：展平列表attr，attributes：对象属性mode，typeof：对象存储模式与类型names：对象的名字属性二、字符串处理character：字符型向量 nchar：字符数 substr：取子 阅读全文