【R】大型机Linux系统安装R及bsub提交R任务
linux系统的大型机上安装R
需要在大型机上编译安装R，大型机上操作系统是CentOS 5.4。
实际上，参考文献2已经非常详细地列出了如何在linux操作系统上安装R。之所要要写这篇博文，是因为我们现在面临这样一个问题：如果大型机不能从网络直接下载R，而且大型机上的R久久不得更新，同时大型机的管理员不愿意更新R？
安装具体步骤：
1 在CRAN上下载最新R版本的源代码，即文件以.tar.gz结尾
2 解压文件 tar -zxvf R-*（“R-*是R的具体版本文件信息”）并进入解压文件夹
3 注意查看“INSTALL”文件，这个文件简要介绍了安装步骤。之后，configure
./configure --prefix=/home/me/R --enable-R-shlib （--enable-R-shlib保证了R package的共享）
4 安装之 make, make install
5 因为安装的R不是在root下，所以需要设置自己登录用户的PATH和添加R_HOME和R_LIB路径，设置方法是修改用户路径下的.bashrc文件，"..."省略了安装文件路径
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# add R PATH
# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
export PATH=/home/.../R/bin:$PATH
# R_HOME and R_LIB
PATH=${R_HOME}/bin:$PATH
export R_HOME=/home/.../R/bin/R
export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library
export LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
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之后，在命令行输入R，可以进入自己安装的R，会有警告“WARNING: ignoring environment value of R_HOME”，这个不影响R的正常运行。
离线安装R package
通常我们在安装R的package时候，是通过连接网络，然后直接使用函数install.packages( )。R会很聪明地将所有包的依赖关系搞定。但是，我们离线本地安装R的*.tar.gz的package呢？同样，使用install.packages( )函数，比如install.packages("mypkg.tar.gz", repos = NULL)。但是，需要自己根据“报错信息”安装依赖的包。
命令行执行R CMD
为了能够在BSUB系统上提交R作业，需要学会使用命令行运行R编写的脚本。在linux下可以使用R CMD BATCHd等一系列命令。
具体使用方法查看文档man R; man Rscript
第一种方法：R CMD BATCH [options] infile [outfile]
options：默认--restore -- save --no-readline；--help 查看帮助信息；--version 查看R版本；--slave 只打印R脚本的输出，而不显示脚本具体执行情况；--no-timing 去除输出文档结束的运行时间输出。
outfile：如果没有命名，会照搬infile名字+ .Rout
其实，R CMD BATCH是 R CMD command [arguments]其中的一种，具体可以查看man R的文档。
问题：knitr是一个什么角色？
第二种方法：R [options] [< infile] [> outfile]
options：--version 查看R版本；--slave 只打印R脚本的输出，而不显示脚本具体执行情况； --vanilla是 --no-save, --no-restore, --no-site-file, --no-init-file and --no-environ的合体；--args 后面是需要传递的参数。注意：options必须选择--save，--no-save, --vanilla三个中的一个。
比如编辑一个testR2.R文件如下：
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args <- commandArgs(TRUE) # TRUE should be set to choose the right arguments
paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")
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接着运行R --slave --vanilla --args tea coffee<testR2.R >testR.Rout
查看输出结果
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$ cat testR.Rout
[1] "I like tea and coffee !"
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第三种方法：Rscript [--options] [-e expr] file [args]
options中默认--slave --no-restore；--version 查看R版本；其他类似第二种方法中的说明。
-e expr：可以通过expr输入R的表达式，比如 -e 'name <- "tea"; source("testR.R")'
args：是需要输入脚本的参数
> file：输出文件
可以使用第三种方法，写成R脚本，之后放入系统运行。比如R脚本testR.R：
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#! /usr/lib/R/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
# paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")
print(args)
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执行R脚本
> chmod +x testR.R
> ./testR.R tea coffee > testR.Rout
转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_61f013b80100yhef.html
