R之批处理
在linux下如何编写脚本调用R语言写的程序呢？
R语言进行批处理有2种方式：
- R CMD BATCH --options scriptfile outputfile
- Rscript --options scriptfile arg1 arg2 arg3 >outputfile
options的选项以及含义如下：
- --slave 类似于--quiet,它禁止回送输入的信息，使R软件输出的信息更为简洁。
- --no-restore 在R启动时不还原工作空间。对于希望以空白工作空间启动R的脚本而言，这个选项很有必要。
- --no-save 在退出R时，不保存工作空间；否则，R会保存当前工作空间并覆盖原有工作目录中的.RData文件。
- --no-init-file 不读取.Rprofile文件或者~/. Rprofile文件。
1. R CMD BATCH的用法
这种最基本的知识，不多说，直接上例子：
clotting <- data.frame(
u = c(5,10,15,20,30,40,60,80,100),
lot1 = c(118,58,42,35,27,25,21,19,18),
lot2 = c(69,35,26,21,18,16,13,12,12))
cat("Model data:\n")
print(clotting)
warning("Model starting")
obj <- glm(lot1 ~ log(u), data=clotting, family=Gamma)
cat("\nEstimated parameters:\n")
coef(summary(obj))
q(runLast=FALSE)
注:代码最后的是不让程序打印proc.time函数的输出结果。
上述的命令保存成test.R，在命令行中通过下面的命令进行调用：
> R CMD BATCH --slave test.R out
out文件中的输出结果为：
Model data:
u lot1 lot2
1 5 118 69
2 10 58 35
3 15 42 26
4 20 35 21
5 30 27 18
6 40 25 16
7 60 21 13
8 80 19 12
9 100 18 12
警告信息：
Model starting
Estimated parameters:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -0.01655438 0.0009275466 -17.84749 4.279149e-07
log(u) 0.01534311 0.0004149596 36.97496 2.751191e-09
2. Rscript 用法
与上述方法不同的是，Rscript可以传入参数，其中options的选项取值是相同的。下面的例子是写在arith.R文件中，通过argv<-commandArgs(TRUE)来将传递的参数转化为字符串数组。
argv<-commandArgs(TRUE)
x<-as.numeric(argv[1])
y<-as.numeric(argv[2])
cat("x=",x,"\n")
cat("y=",y,"\n")
cat("x+y=",x+y,"\n")
cat("x^y",x^y,"\n")
调用的命令：
> Rscript arith.R 1 2 >output
输出结果：
x= 1
y= 2
x+y= 3
x^y 1
也可以将arith.R改成可执行文件在命令行中直接执行：
#! /usr/bin/Rscript --slave library(MASS) argv<-commandArgs(TRUE) x<-as.numeric(argv[1]) y<-as.numeric(argv[2]) cat("x=",x,"\n") cat("y=",y,"\n") cat("x+y=",x+y,"\n") cat("x^y",x^y,"\n") write.matrix(matrix(1:x,nrow=y),file="m.txt",sep=" ")
注：如果R语言中用到了其他的包，则在文件中加入相应的包名即可。
在命令行中修改arith.R为可执行文件：
> chmod +x arith.R
> ./arith.R 10 2
输出结果：
x= 1
y= 2
x+y= 3
x^y 1
m.txt文件中数据为：
1 3 5 7 9
2 4 6 8 10
参考文章：
1. http://blog.revolutionanalytics.com/2009/06/running-scripts-with-r-cmd-batch.html
2. http://book.2cto.com/201305/21969.html
