王哲_UJN_MGG_AI

摘要： 1、介绍 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。相比传统的基于比对的方法，它可以更准确地识别和量化转录本，并且能够更好地处理多样性的剪切形式。 Salmon的基本流程如下： 从 阅读全文

摘要： 1、简介 CD-HIT是一个用于宏基因组分析的工具，它可以用于聚类和减少高通量测序（HTS）数据集的复杂性。在各种 HTS 平台上生成大量的序列数据，并对生物体中的微生物进行分类和注释时，该工具显得尤为重要。 在宏基因组分析中使用 CD-HIT，可以将高通量序列数据按照相似性信息进行分类，通过去除冗 阅读全文

摘要： 在DNA测序中，reads mapping方向指的是描绘short-reads（短序列）对于参考基因组的比对方向，即将短读序列与参考基因组进行比对时匹配的方向。 这个方向信息通常被编码为“+”或“-”，其中“+”表示reads的5'端与正向链的3'端相对应，“-”表示reads的5'端与负向链的3' 阅读全文

摘要： Phred质量分数是DNA测序数据中，用来评估碱基质量的一种标准化表示方法。它最初是由美国华盛顿大学的高通量测序专家Phred J.在1997年发表的论文中提出的。 Phred质量分数使用logarithmic scale（即对数刻度）来表示碱基质量值。一般取值范围为0-40之间，其中0表示最差的质 阅读全文

摘要： 在DNA测序数据中，pair number通常指的是双端测序（paired-end sequencing）中的对应序列的编号。在双端测序中，一条DNA分子会被从两端进行测序，并生成两段相互对应的序列，这两段序列的编号称为pair number。 双端测序可以提供高质量的测序结果和更准确的基因组组装。 阅读全文

摘要： 这是一个命令行命令，用于对temp/out_pro.fa文件进行抗菌基因分析。参数的含义如下： rgi: 表示运行resistant gene identifier (rgi)程序。 main: 指定使用 rgi 的主要模式。 --input_sequence temp/out_pro.fa：指定输 阅读全文

摘要： 这条语句是在使用 diamond 软件建立基于 cazydb.07312020.fasta 文件的数据库，该数据库将用于宏基因组分析中。cazydb 是一个专门用于碳水化合物活性酶的数据库。diamond 软件则是一款快速而准确的搜索工具，可用于比对大规模的 dna 或蛋白质序列数据。通过此命令建立 阅读全文

摘要： 1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 阅读全文

摘要： 报错信息为： (base) [wz@localhost temp]$ python ./summarizeAbundance.py -i gene.count -m output -c '9,16,21' -s ',+,+*' -n raw -o eggnog/10t/wz/temp/./summa 阅读全文

摘要： 这个命令是在linux系统中运行的sed命令，用于编辑文件 eggnog.ko.raw.txt，其中的-i选项表示直接修改原文件。该命令匹配每一行的开始位置（^）后面跟着"ko:"字符串的内容，并将其替换为空字符串，即删除该字符串。 在宏基因组分析过程中，可能需要对原始数据文件进行预处理和清洗，比如 阅读全文