03 2024 档案
摘要:# 清除所有变量 rm(list = ls()) # 设置工作目录 setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\PLS_Pathway") # 1. 加载所需的库 library(vegan) library(tidyverse) library
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摘要:# 清除所有变量 rm(list = ls()) # 设置工作目录 setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\PCA_Pathway") # 1. 加载所需的库 library(vegan) library(tidyverse) library
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摘要:碎石图(Scree Plot)是一种用于主成分分析(PCA)的可视化工具,它帮助我们决定在数据集中保留多少个主成分(PCs)是合适的。在PCA中,每个主成分都代表数据中的一个方差来源,第一个主成分解释了数据中最大的方差部分,第二个主成分解释了剩余方差中最大的部分,依此类推,每个后续的主成分都解释了在
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摘要:rm(list = ls()) # 清除所有变量 setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\FUNGuild function") # 设置工作目录 # 加载所需的包 library(tidyverse) library(reshape2) l
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摘要:rm (list = ls ()) #清除所有变量 setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\FAPROTAX微生物功能预测") #设置工作目录 # 加载所需的包 library(tidyverse) library(agricolae) li
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摘要:参考的这篇文章,此文章给出了Wilcoxon秩和检验的方案,但是好像是错误的,无法成功运行,只能进行t.test分析,在此基础上,我做了一些修改,完美适配Wilcoxon秩和检验 t 检验 假设:t 检验假设数据是从正态分布中抽取的,且两组的方差相等(对于独立双样本 t 检验)。如果你计划使用配对
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摘要:statistic: 这一列表示Wilcoxon秩和检验的统计量值。对于Wilcoxon秩和检验,统计量通常是基于两组数据秩次的和差异计算得出的。具体来说,它可能是W统计量(也称为Wilcoxon秩和统计量),该统计量反映了两组数据中观测值秩次之和的差异。统计量的具体值可以用来计算p值,进而判断两组
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摘要:# 清除所有变量 rm(list = ls()) # 设置工作目录 setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\Co-occurrence Network\\图例") # 载入ggplot2包 library(ggplot2) # 创建一个数据框
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摘要:Degree (度) 定义: 度是网络中一个节点的基本特性,表示直接连接到该节点的边的数量。在无向图中,一个边连接两个节点,因此每个边为节点增加一个度。在有向图中,度被分为入度和出度,分别计算指向节点和从节点出发的边的数量。 应用: 度量了节点的直接连通性。一个高度的节点通常表示该节点在网络中具有较
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摘要:# 清除所有变量 rm(list = ls()) # 加载必要的包 library(ggplot2) library(ggpubr) library(dplyr) library(multcompView) # 设置工作目录 setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desk
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摘要:# 清空当前环境中的所有对象 rm (list = ls ()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\Stacked bar chart") #设置工作目录 library(ggplot2) # 用于绘图 library(ggalluvi
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摘要:摘要 植物与微生物的相互作用影响生态系统的功能,而不同的植物物种会影响相关微生物。然而,不同基因型的玉米如何塑造根际微生物群落的结构和功能仍然研究不足。在本研究中,通过高通量测序和生物信息学分析,比较了三种基因型的玉米在幼苗期和成熟期根际微生物群落的结构。结果显示,天诺早60(N)在这两个时期的细菌
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摘要:从Phytozome上导出来的,这个用于后续的基因家族分析,通过此脚本将序列变为一行 # 清除所有变量 rm(list = ls()) # 设置工作目录 setwd("C:/Users/Administrator/Desktop") # 定义读取和处理序列数据的函数 process_sequence
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摘要:rm (list = ls ()) #清除所有变量 # 1. 导入所需的库。 library(vegan) library(tidyverse) library(ggalt) library(car) library(ggforce) library(ggpubr) library(patchwor
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摘要:rm(list = ls()) # 清除所有变量 setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\circlize") library(sf) library(ggplot2) theme_set(theme_bw()) library(rnatur
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