摘要：
dna序列是由四个不同的核苷酸（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤和鳙嘌呤）组成的字符串，在神经网络中输入dna序列通常需要进行编码转换。以下是一些将dna序列输入到神经网络的方法： one-hot编码: one-hot编码是将dna序列中每个核苷酸表示成一个固定长度为4的二进制序列。例如： a: [1, 0, 阅读全文
摘要：
k-mer是一种用于描述序列数据的概念。在生物信息学中，k-mer通常指的是长度为k的连续子序列。例如，在dna序列中，4-mer（k=4）是四个连续的碱基；在蛋白质序列中，3-mer（k=3）是三个相邻的氨基酸。 k-mer在基因组学、转录组学和蛋白质组学等领域中广泛使用。它们可以用于许多任务，例 阅读全文
摘要：
这句话中的“从头分箱策略（de novo binning）”是指一种用于组装大型基因组序列的方法。 在宏基因组学研究中，从环境或生态系统中收集样本，然后对其中的微生物进行dna提取、测序和拼接，以了解微生物多样性、功能等信息。由于在大多数情况下，该样品中所含有的微生物可能是未知、未描述或难以根据序列 阅读全文
摘要：
假阳性（false positive）指的是在实验或测试中，被错误地判断为“有某种物质”、“某种情况存在”等，而事实上并不存在该物质或情况的情况。例如，在进行病毒检测时，病毒检测呈现了阳性结果，但事实上患者并未感染病毒。 假阴性（false negative）指的是在实验或测试中，被错误地判断为“没 阅读全文
摘要：
测序的读段指的是dna或rna样本经过测序分析之后，得到的含有基因信息的短片段。这些读段可以用于鉴定微生物，比对它们已知的基因组/基因来确定它们所属的分类和可能的生物学功能。在微生物学研究中，测序的读段通常会被拼接成完整的基因组序列，从而更好地理解细菌、真菌和病毒之间的差异性，并推断它们的生态和微生 阅读全文
摘要：
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 阅读全文