R : 计算平均Bray-Curtis距离.R

rm(list = ls())
setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\machine learning\\Multiple Linear Regression")

# 导入所需的库
# 如果需要的话，可以使用 `install.packages("readr")` 安装readr库
library(readr)

# 读取 CSV 文件，确保不使用行名
data <- read.csv("bray.csv", row.names = 1)

# 计算每个样本的平均 Bray-Curtis 距离
# 排除对角线元素（自我距离），对每行其余元素取平均
avg_distances <- apply(data, 1, function(row) {
  # 只考虑非对角线元素，即排除自己与自己的距离
  mean(row[row != 0])
})

# 将结果保存为 TXT 文件
write.table(avg_distances, "average_distances.txt", row.names = TRUE, col.names = FALSE,sep = "\t", quote = FALSE)

# 输出结果以确认
cat("平均距离已经保存到 'average_distances.txt' 文件中。\n")