humann详细参数

在 Humann 工具中，-o 是 --output 参数的简写形式，用于指定生成的输出文件的路径和名称。该参数通常用于自定义输出文件的名称和路径。

Humann 可以生成多种类型的输出文件，包括功能注释结果、物种组成结果、代谢通路丰度和覆盖度等。当您运行 Humann 时，使用 -o 参数可以指定生成输出文件的位置和名称。

例如，如果您想将 Humann 的功能注释结果输出到名为 my_output.tsv 的文件中，可以使用以下命令：

humann --input input_file.fastq -o my_output.tsv

在上述命令中，--input 参数指定了输入文件的路径和名称，-o 参数指定了输出文件的路径和名称。

另外，如果您想将输出文件保存到特定的目录下，可以在 -o 参数中包含完整的路径。例如：

humann --input input_file.fastq -o /path/to/my_output.tsv

在上述命令中，Humann 会将输出文件保存到 /path/to/ 目录下，并将文件命名为 my_output.tsv

 

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在 Humann 工具中，--output-basename 参数用于指定输出文件的基本名称（basename），即文件名的前缀部分。在执行 Humann 分析时，该参数可以用来自定义输出文件的命名规则。

默认情况下，Humann 会为每个生成的输出文件分配一个默认的文件名。例如，在运行 Humann 的功能注释分析时，生成的默认输出文件名为 sample_name_pathabundance.tsv，其中 sample_name 是输入样本的名称，pathabundance 是输出文件的类型。如果您使用 --output-basename 参数来指定文件名的前缀部分，Humann 将会在前缀部分后添加默认的文件名来生成完整的输出文件名。

例如，如果您运行以下命令：

humann --input input_file.fastq --output-basename my_output

Humann 将会生成名为 my_output_pathabundance.tsv 的默认输出文件。您还可以使用其他 Humann 参数来定制输出文件名的其余部分，例如，您可以使用 --output-format 参数来指定输出文件的格式，使用 --output-file 参数来指定完整的输出文件路径等。

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在 Humann 工具中，--remove-temp-output 参数用于在 Humann 运行结束后自动删除临时文件。Humann 运行时会生成大量的临时文件，这些文件通常是中间计算结果或临时数据。如果不使用 --remove-temp-output 参数，这些临时文件会被保留在磁盘上，占据大量的存储空间。使用该参数可以在 Humann 运行结束后自动删除这些临时文件，释放存储空间。

例如，以下命令将运行 Humann，并在运行结束后自动删除所有临时文件：

humann --input input_file.fastq --output output_file.tsv --remove-temp-output

另外，--o-log 参数用于指定运行日志文件的路径和名称。Humann 运行时会生成一些日志信息，该参数可以将日志信息保存到指定的文件中。默认情况下，Humann 会将日志信息输出到屏幕上，使用 --o-log 参数可以将日志信息保存到文件中，方便后续查看。

例如，以下命令将运行 Humann，并将日志信息保存到名为 log_file.txt 的文件中：humann --input input_file.fastq --output output_file.tsv --o-log log_file.txt

在上述命令中，--input 参数指定了输入文件的路径和名称，--output 参数指定了输出文件的路径和名称，--o-log 参数指定了日志文件的路径和名称。