随笔分类 -  R包 microeco

摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\machine learning\\Diversity_pathway") library(microeco) library(magrittr) library(file2meco) 阅读全文
posted @ 2024-11-26 10:39 王哲MGG_AI 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\machine learning\\Diversity") library(microeco) library(magrittr) feature_table <- read.tabl 阅读全文
posted @ 2024-11-26 10:38 王哲MGG_AI 阅读(72) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\New_microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(dplyr) library(tibble) 阅读全文
posted @ 2024-06-13 22:38 王哲MGG_AI 阅读(57) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\New_microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(dplyr) library(tibble) 阅读全文
posted @ 2024-06-12 11:12 王哲MGG_AI 阅读(116) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\New_microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(dplyr) library(tibble) 阅读全文
posted @ 2024-06-06 08:49 王哲MGG_AI 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Vertex 135 Edge 1523 Average_degree 22.562962962963 Average_path_length 2.20846705198353 Network_diameter 6 Clustering_coefficient 0.701431967070555 D 阅读全文
posted @ 2024-06-05 20:29 王哲MGG_AI 阅读(191) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(tidyverse) library(aplot) l 阅读全文
posted @ 2024-05-14 15:55 王哲MGG_AI 阅读(89) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) feature_table <- read.table('featur 阅读全文
posted @ 2024-05-14 15:47 王哲MGG_AI 阅读(115) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) feature_table <- read.table('featur 阅读全文
posted @ 2024-05-07 16:39 王哲MGG_AI 阅读(81) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:dataset$sample_sums() %>% range #计算并查看样本总数的范围 dataset$rarefy_samples(sample.size = 1000000) #执行重采样,标准化样本中的测序深度 "46 features are removed because they a 阅读全文
posted @ 2024-05-07 10:41 王哲MGG_AI 阅读(95) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:输入文件输出文件 rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(dplyr) library(tidyr) library(readr) # 读取文件 data <- re 阅读全文
posted @ 2024-05-06 16:05 王哲MGG_AI 阅读(47) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要:(一)准备示例数据 加载microeco包: library(microeco) 加载示例数据集: data(sample_info_16S) data(otu_table_16S) data(taxonomy_table_16S) data(phylo_tree_16S) data(env_dat 阅读全文
posted @ 2024-04-30 10:57 王哲MGG_AI 阅读(573) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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