随笔分类 - 生物学知识基础
摘要:标准化(Z-score)是用于将不同微生物的丰度数据进行标准化处理,以便在热图中更容易比较和解释不同样本之间的差异。具体来说,标准化的过程如下: abundance <- scale( abundance, center = TRUE, # 减去均值 scale = TRUE # 除以标准差 ) 标
阅读全文
摘要:Chao1算法是一种用于估计生物多样性的方法,特别是在微生物群落中。让我为您解释一下其计算原理。 准备: 在理解Chao1指数之前,我们需要理清两个概念: Singletons:仅包含一条read的OTU(操作分类单元)。 Doubletons:仅包含两条reads的OTU。 想象一个放满各种各样玩
阅读全文
摘要:全球重要性:玉米是全球最重要的粮食作物之一,仅次于小麦和稻米。它在全球粮食供应中扮演着关键角色,尤其是在非洲、拉丁美洲和北美等地区。 遗传多样性:玉米具有丰富的遗传多样性,使得它成为理解植物遗传学、进化和育种机制的理想模型。这种多样性也为研究不同环境条件下的植物适应性提供了极好的机会。 经济价值:玉
阅读全文
摘要:离子峰在代谢组学和质谱分析中是一个非常重要的概念。为了更生动形象地理解离子峰,我们可以将其比作一个繁忙市场中的各个摊位。 离子峰是什么? 市场摊位比喻:想象一下,一个繁忙的市场,每个摊位都在出售不同的商品。在代谢组学中,每个“摊位”实际上是一个离子峰,代表着在质谱仪中检测到的特定离子。就像每个摊位展
阅读全文
摘要:QC样本(Quality Control samples)和实验样本在代谢组学研究中扮演着不同但互补的角色。为了更生动地解释它们之间的区别,我们可以把代谢组学实验比作一场精心策划的宴会。 1. **实验样本**:想象实验样本就像是宴会上的主要菜肴。这些样本来自于你的实验对象,比如研究的生物体或细胞。
阅读全文
摘要:在非度量多维缩放(NMDS, Non-metric Multidimensional Scaling)中,"Stress"(应力值)是一个关键的统计量。它提供了对模型质量的评估。这里是其核心含义: Stress值的定义:它是原始距离和NMDS得到的低维空间距离之间的误差的度量。更具体地说,它是实际生
阅读全文
摘要:玉米中的‘dosage-effect defective1’的父系印记对种子重量异质性的贡献 从历史上看,异质性效应曾被假设为花粉对种子表型的独特遗传贡献,但大多数例子代表了孟德尔性状的标准互补作用。我们在玉米(Zea mays)中确定了印记的剂量效应缺陷1(ded1)位点作为种子大小和发育的父系调
阅读全文
摘要:P Value: P值(P value)是在假设检验中一个非常关键的概念。它提供了一个量化的方法来评估观察到的数据与零假设(null hypothesis)下期望的数据之间的差异。具体来说,P值是在零假设为真的条件下,观察到当前统计量或更极端统计量的概率。 以下是关于P值的更详细解释: 定义:P值是
阅读全文
摘要:基因分型数据是对一个个体在特定的DNA位点或基因座的等位基因组成的记录。换句话说,基因分型是描述特定位置上DNA变化的方法。 DNA和变异: DNA由四种碱基:腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(C)和鸟苷酸(G)组成。大部分人类的DNA序列是相同的,但某些位置上存在变异。这些变异点上的不同版本被
阅读全文
摘要:首先,理解以下基本概念: 先验分布 (Prior Distribution): 在没有观察到数据之前,我们对未知参数的信念或假设。例如,我们可能相信标记的效应大部分是接近0的。 数据 (Data): 这就是我们有的基因型和表型数据。 后验分布 (Posterior Distribution): 当我
阅读全文
摘要:GBLUP(Genomic Best Linear Unbiased Prediction)是一种在基因组选择中广泛使用的方法,但它也有一些潜在的缺点和限制,包括: 计算复杂性:GBLUP的计算复杂性相对较高,特别是在大规模基因组数据集上。需要处理大量的SNP标记数据,这可能需要大量的计算资源和时间
阅读全文
摘要:想象一下,你正在尝试预测一种植物的产量,你手头有这些植物的DNA信息(称为基因组数据或标记)以及它们的实际产量。你的目标是,当获得一个新的植物的DNA信息时,你想用它来预测这个植物的产量,即使你并不知道它的实际产量。 GBLUP是帮助你完成这项任务的工具之一。 线性预测: GBLUP的核心是一个线性
阅读全文
摘要:GS与传统表型选择(PS)的比较: Vivek等人进行的研究比较了玉米在干旱条件下的GS和PS。结果发现,使用PS时,每周期的收益是0.27 (t/ha),而使用GS时增加到了0.50 (t/ha)。将这些值除以周期长度,干旱条件下的年遗传增益分别为0.067(PS)和0.124(GS)。 在最佳条
阅读全文
摘要:MAS (标记辅助选择,Marker-Assisted Selection): MAS 主要基于特定的遗传标记来选择有利的基因型。一个简化的公式描述为: 其中, Y 是性状的观测值。 μ 是整体平均值。 M 是标记值(通常为0, 1或2,表示特定标记的等位基因数量)。 β 是标记效应。 e 是误差项
阅读全文
摘要:基因、基因家族和通路之间的关系如下: 基因(Gene): 基因是DNA上的一段编码信息,它指导生物体合成特定的蛋白质或RNA分子。基因是生物体遗传信息的基本单位,每个基因编码了一个或多个蛋白质或RNA的特定序列。基因具有多样性,因为同一基因可以在不同个体中存在不同的等位基因,导致生物体的遗传多样性。
阅读全文
摘要:玉米早期胚乳发育与母源的胚核组织消除协调进行。然而,底层机制在很大程度上是未知的。在这里,我们表征了一个主要的玉米籽粒大小和重量的数量性状位点,编码了一个EXPANSIN基因,ZmEXPB15。编码的β-扩展蛋白特异地在胚核中表达,并通过促进胚核的消除来积极控制籽粒的大小和重量。我们进一步展示了两个
阅读全文
摘要:HKW - 百粒重(Hundred Kernel Weight):这是指每百粒玉米籽粒的重量,通常以克(g)为单位。百粒重是一个衡量玉米籽粒大小和重量的指标,对于品种选择和产量评估非常重要。 KL - 长度(Kernel Length):KL通常指玉米籽粒的长度,通常以毫米(mm)为单位。籽粒长度也
阅读全文
摘要:脂质在真核光合生物的叶绿体中建立了特殊的类囊体膜,然而,从其他细胞器向叶绿体传递脂质的分子机制仍需要进一步阐明。在这里,我们揭示了拟南芥Sec14同源蛋白AtSFH5和AtSFH7在从内质网(ER)传递磷脂酸(PA)到叶绿体中的结构基础,以及它们在调控叶绿体脂质组成和类囊体发育中的功能。AtSFH5
阅读全文
摘要:以下是这些化学参数在科研论文中的英文名称以及缩写: 全氮(Total Nitrogen)的缩写是TN。 全钾(Total Potassium)的缩写是TK。 全磷(Total Phosphorus)的缩写是TP。 水解性氮(Hydrolyzable Nitrogen)的缩写是HN。 速效钾(Avai
阅读全文
摘要:KL:Kernel Length(粒子长度) - 这通常指的是玉米粒的长度,是玉米品质和产量方面的重要性状之一。 ERN:Ear Number(穗数) - 这可能表示每株玉米植株上的穗数,也是产量和生长特性的一项重要指标。 KT:Kernel Thickness(粒子厚度) - 这可能指的是玉米粒的
阅读全文