随笔分类 -  宏基因组标准流程

个人总结
摘要:(Newbase) [wz@localhost ~]$ kraken2-build -h Usage: kraken2-build [task option] [options] Task options (exactly one must be selected): --download-taxo 阅读全文
posted @ 2023-11-07 17:32 王哲MGG_AI 阅读(1934) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要:测序样本信息:完成了70个根际土壤样本的宏基因组测序。 数据预处理: 使用KneadData工具进行质控和去宿主处理。 利用Trimmomatic去除接头序列并进行质量过滤。 使用Bowtie2构建宿主库和进行去宿主处理。 从头组装:采用MEGAHIT工具对原始测序数据进行从头组装,生成contig 阅读全文
posted @ 2023-11-02 10:36 王哲MGG_AI 阅读(1388) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:1、构建索引 bowtie2-build maizev4.fa maizev4 使用 Bowtie 2 的 bowtie2-build 命令来构建一个maizev4基因组的索引。bowtie2-build 是 Bowtie 2 中用于创建索引的工具,而 Bowtie 2 是一个用于短序列比对的快速、 阅读全文
posted @ 2023-07-04 20:53 王哲MGG_AI 阅读(1444) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:1、介绍 CAZyDB指的是“碳水化合物活性酶集合数据库”(Carbohydrate-Active Enzymes database),是一个搜集和分类所有已知的碳水化合物活性酶(CAZY)的公共数据库。它包括各种共同作用于结构多样的寡糖、多糖和其他复杂的碳水化合物的酶类。该数据库组织了与这些酶相关 阅读全文
posted @ 2023-05-13 16:10 王哲MGG_AI 阅读(1382) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:1、介绍 EGGNOG (Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups)是一种用于基因功能注释的工具。它通过比较各个物种的蛋白质序列来进行分析,并根据这些序列的相似性将其聚类成不同的基因家族(orthologou 阅读全文
posted @ 2023-05-13 11:20 王哲MGG_AI 阅读(3817) 评论(0) 推荐(4) 编辑
摘要:1、metaphlan3与humann的关系 Metaphlan3和HUMAnN2 / HUMAnN3都是宏基因组分析中常用的工具,它们可以相互配合使用来对样品进行全面的功能和物种注释。 Metaphlan3是一种快速而准确地确定环境微生物群落中存在哪些细菌和古菌的工具。它通过比对样本DNA序列与拥 阅读全文
posted @ 2023-05-12 22:17 王哲MGG_AI 阅读(889) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:1、介绍 **HUMAnN(The HMP UnifiedMetabolic Analysis Network)**是一个用于宏基因组分析的软件,它被开发用于分析丰度测定数据,特别是从肠道微生物群落中获取的代谢产物。该软件能够通过底层序列对齐来对功能组成进行量化,这些功能包括微生物基因、通路和代谢反 阅读全文
posted @ 2023-05-12 22:06 王哲MGG_AI 阅读(1235) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、介绍 Kraken2是一种宏基因组分析工具,可通过对DNA序列进行分类和注释来识别微生物序列。它使用的是参考数据库,包括细菌、病毒、真菌和原核生物等,并根据每个序列中存在的K-mer进行分类和注释。Kraken2物种注释是为每个序列特定分类到相应的物种级别。 Kraken2物种注释可用于确定样品 阅读全文
posted @ 2023-05-11 21:25 王哲MGG_AI 阅读(5756) 评论(4) 推荐(0) 编辑
摘要:1、介绍 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序(RNA-seq)数据分析的方法,其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。相比传统的基于比对的方法,它可以更准确地识别和量化转录本,并且能够更好地处理多样性的剪切形式。 Salmon的基本流程如下: 从 阅读全文
posted @ 2023-05-11 20:32 王哲MGG_AI 阅读(2730) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、简介 CD-HIT是一个用于宏基因组分析的工具,它可以用于聚类和减少高通量测序(HTS)数据集的复杂性。在各种 HTS 平台上生成大量的序列数据,并对生物体中的微生物进行分类和注释时,该工具显得尤为重要。 在宏基因组分析中使用 CD-HIT,可以将高通量序列数据按照相似性信息进行分类,通过去除冗 阅读全文
posted @ 2023-05-11 16:57 王哲MGG_AI 阅读(4175) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年,在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下,由 阅读全文
posted @ 2023-05-04 20:53 王哲MGG_AI 阅读(1751) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、背景 每一个物种的参考基因组序列(reference genome)的产生都要先通过测序的方法,获得基因组的测序读段(reads),然后再进行从头拼接或组装(英文名称为do novo genome assembly),最后还原测序物种的各条染色体的序列,即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 阅读全文
posted @ 2023-04-21 10:19 王哲MGG_AI 阅读(1888) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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