Leiden算法介绍

Leiden算法介绍

首先来总结一下louvain的缺点：

1、社区划分的精度有局限性

2、分组内细胞分布密度的大小会影响亚群的鉴定

3、被鉴定为同一个分群的细胞群内，存在两个没有连线的小分群

Leiden算法主要针对上述的第3个缺点，对louvain算法进行优化。Leiden算法的命名来源于荷兰莱顿大学(Leiden University)。该算法由莱顿大学的三位研究员开发，结果于2020年3月份发表在Scientific Reports上。

Leiden和louvain算法的调整策略不同(leiden优化的要点一

1、Louvain：让每个同学去另外两个队伍，每次换队伍都让体育老师评价一下；

2、Leiden：只让每个同学去有连线的其他队伍，节省时间。

这个介绍也比较详细

https://towardsdatascience.com/louvain-algorithm-93fde589f58c

---

leidien算法介绍的一些blog：

1、https://medium.com/@ciortanmadalina/clustering-data-with-graph-oriented-techniques-9946876f3f9b

2、https://towardsdatascience.com/community-detection-algorithms-9bd8951e7dae

3、https://www.nature.com/articles/s41598-019-41695-z