#@File(label = "Input directory", style = "directory") input
#@File(label = "Output directory", style = "directory") output
#@String(label = "File suffix", value = ".tif") suffix
#@int(label = "Minimum size") minSize
processFolder(input);
function processFolder(input) {
list = getFileList(input);
for (i = 0; i < list.length; i++) {
if(File.isDirectory(input + File.separator + list[i]))
processFolder("" + input + File.separator + list[i]);
if(endsWith(list[i], suffix))
processFile(input, output, list[i]);
}
saveAs("Results", output + "/All_Results.csv");
}
function processFile(input, output, file) {
setBatchMode(true);
run("Bio-Formats", "open=[" + input + "/" + file +"] autoscale color_mode=Default rois_import=[ROI manager] view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
id = getImageID();
run("Duplicate...", " ");
run("Gaussian Blur...", "sigma=2");
setAutoThreshold("Default dark");
run("Create Mask");
run("Watershed");
save(output + "/Binary_OUTPUT_" + file);
run("Analyze Particles...", "size=" + minSize + "-Infinity exclude add");
selectImage(id);
roiManager("Show All with labels");
roiManager("Deselect");
roiManager("Measure");
roiManager("Deselect");
roiManager("Save", output+ "/" + file + "_ROI.zip");
roiManager("Deselect");
roiManager("Delete");
}
http://imagej.github.io/presentations/fiji-scripting/#/6/2
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