PyMOL测量蛋白质中两个原子或残基空间距离

测量距离

在Pymol中实现两个原子间的空间距离测量

一、 以PDB:4hbk为例，打开PyMOL运行命令载入蛋白（也可以直接 .pdb格式导入）

 

二、点击菜单栏中的Wizard->Measurement 就可以进行距离测量。然后分别选择两个2个原子就可以显示这2个原子的距离。

比如我们想测定TYR48中侧链上的O原子到Lys77侧链N原子的距离，如下操作即可：

1. 点击Wizard->Measurement；打开了Measurement 面板，位于object list面板下方；

2. 鼠标点击TYR48侧链上的O原子 和 LYS77 侧链上面的N原子；

3. 如要测定其他2个原子的距离，鼠标继续点击选择2个原子就可以了；

4. 测定完成后，点击Measurement 面板中的done 就可以了。

效果如图所示：

 文章转载自公众号：皮蛋笔记，欢迎关注，随时获取第一手文章内容。