蛋白质组学数据处理——搜库
1.前言
MaxQuant是一款免费的蛋白质组学软件包，由马克斯-普朗克生物化学研究所开发。它内置了自己的搜索引擎Andromeda，可以支持目前主流的蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式。MaxQuant支持标记定量和非标定量，2.0版本后的MaxQuant还支持DIA的数据分析。MaxQuant具备非线性质量校正和Match Between Runs功能，可以增加蛋白鉴定数量和提高定量准确性。下面我们主要以非标定量蛋白质组学（LFQ）数据为例，向大家演示MaxQuant数据库检索的过程。
2. MaxQuant下载安装
官网：MaxQuant
MaxQuant下载需要用邮箱注册，并填写注册码。
该软件依赖.NET Framework（基于.net框架编写，有些没安装的电脑需要安装）
解压后无需安装，点击MaxQuant.exe即可使用。
3．操作步骤
3.1上传LC-MS数据即raw data
3.2 上传数据
点击load上传数据，选择数据所在文件夹，选中LC-MS数据，点击 No fraction 设置实验序号，进行下一步
3.3 参数设置
设置蛋白质是否有修饰，常规无标定量蛋白组学一般不需要修改，直接默认参数就可以
3.4 酶切参数设置
样品在处理时，一般用什么酶做酶切就选择什么酶
3.5 修改为LFQ
此外，instrument项中可将Main search peptide tolerate改为10（ppm）
3.6 添加所物种的蛋白质数据库
3.7 物种蛋白质数据库在uniport上下载
（在本例中以大鼠（Rat）为例）
3.8 上传物种蛋白质组学数据库
数据库是随时可能更新的，所以时隔一段时间后所搜得到的结果可能会不一样，属于正常现象
3.9 线程数根据所用电脑的处理器配置进行设置
点击开始按钮即可开始搜库，等待搜库完成
3.10 得到搜库结果——proteinGroups文件
注：原创文章在公众号：皮蛋笔记，欢迎关注留言交流。
