随笔分类 - 科研
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摘要：大家好，今天分享一款软件，即可以计算化合物理论同位素分布的软件Isopro 3.0。在做质谱的实验时，特别对合成的化合物进行质量表征时，往往要求ppm绝对值在5以内，对质谱的分辨率要求很高。对于小分子而言Chemdraw能够满足计算需求，但是对于多肽合成的朋友而言，用Chemdraw计算ppm其实是
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摘要：上篇笔记分享了使用R语言进行GO分析的机械化操作，本篇内容将会分享如何用R语言作通路分析。 紧接上篇笔记内容，作KEGG富集分析用的文件是id.txt文件，即基因ID文件。 1.安装以下所需要的包 install.packages("colorspace") ##安装所需要的包 install.pa
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摘要：GO分析 基因本体论（Gene Ontology, GO）是一个用于描述基因和基因产品属性的标准术语体系。它提供了一个有组织的方式来表示基因在生物体内的各种角色。基因本体论通常从三个层面对基因进行描述：细胞成分（Cellular Component，CC）、生物学过程（Biological Proc
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摘要：众所周知，在完成蛋白组学组间差异蛋白筛选后，往往要做GO与KEGG功能富集分析，这就需要我们首先将蛋白名转换为基因名，或者找出基因ID。将蛋白名转化为基因名可能涉及不同的转换工具或数据库，这里有几种常见的方法： ①UniProt数据库：UniProt数据库提供了蛋白和其对应基因的关联信息。可以通过查
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摘要：1.前言 MaxQuant是一款免费的蛋白质组学软件包，由马克斯-普朗克生物化学研究所开发。它内置了自己的搜索引擎Andromeda，可以支持目前主流的蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式。MaxQuant支持标记定量和非标定量，2.0版本后的MaxQuant还支持DIA的数据分析。MaxQuan
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