本地BLAST使用手册

因为毕设需要用到BLASTN做本地序列比对，参考https://www.jianshu.com/p/de28be1a3bea博客所写的教程和本人的使用经历，写这篇博客

BLAST下载与安装

从NCBI的网站上下载需要的软件也就是BLAST的Linux系统版本的最新版本
Download: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz

环境变量设置

blast软件
vim ~/.bash_rc
添加上
export PATH=~/ncbi-download-dir/bin:$PATH
blast数据库
blastdb的文件目录要自己建立
添加上
export BLASTDB=~/ncbi-download-dir/blastdb

下载数据库

下载自己要用的数据库
网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
我以人类基因组序列为例
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/human_genome.00.tar.gz
注意：这个tar.gz包里是blast安装好的数据库，可以直接用，不需要makeblastdb这一步操作

对比

简单给一条示例命令，更详细的内容可以参考我上面给的博客
blastn -db /yours-db-dir -query query.fa -outfmt 17 -out test.bam