自定义 DataLoader

如数据输入一文所介绍，OneFlow 支持两种数据加载方式：直接使用 NumPy 数据或者使用 DataLoader 及其相关算子。

在大型工业场景下，数据加载容易成为训练的瓶颈。在其它的框架中，数据加载流水线往往作为单独的模块存在，需要针对不同场景进行调整，通用性不高。在 OneFlow 中，DataLoader 及相关预处理算子，与其它普通算子地位等同，可以享受与其它算子一样的流水加速效果，轻松解决大规模数据加载的痛点。

在 OneFlow 中使用 DataLoader，一般通过调用 XXXReader 加载文件中的数据，调用 XXXDeocde 等对数据进行解码或其它预处理，一起协同完成 Dataloader 的功能。

OneFlow 目前内置了一些文件格式的 DataLoader。如果想使用 DataLoader 提高数据加载的效率，但是加载的数据格式暂时没有内置在 OneFlow 中，此时，可以自己实现 DataLoader，加载自定义的数据格式。

本文实现了一个 Mini Dataloader，在仓库中可查看完整代码。

作为示例，Mini Dataloader 支持的文件格式为：以逗号分隔的每行两列数字的纯文本文件(见代码中的 part-000 及 part-001 文件)：

1.01,2.02

2.01,4.02

3.0,6.05

4.1,8.205

5,10

6.0,12.0

7.0,14.2

8.0,16.3

9.1,18.03

本文将以 Mini Dataloader 为例，对自定义格式的 DataLoader 的实现要点，进行讲解。

Dataloader 的组成

完整的 Dataloader 一般包括两类 Op：

Data Reader：负责将文件系统中的数据，加载到内存中的输入流，并最终将数据设置到 Op 的输出中。它又可以细分为 Loader 与 Parser 两部分，Loader 负责从文件系统中读取原始数据，Parser 负责将原始数据组织为 Data Reader Op 的输出
Data Preprocessor：将 Data Reader Op 的输出的数据进行预处理，常见的预处理有图片解码、剪裁图片、解码等

对于一些简单的数据格式，不需要预处理，可以省略掉 Data Preprocessor，只使用 Data Reader 即可。

作为示例， Mini Dataloader 处理的数据格式虽然简单，但是依然实现了 DataReader 及 Data Preprocessor 两类 op，其中：

MiniReader 负责从文件中读取数据，并按逗号分隔字符串，将文本转为浮点数据后，设置到 Op 的输出中，输出形状为每行两列
MiniDecoder 负责将以上每行两列的输出进行分割，得到2个每行1列的输出 x 与 y

在 test_mini_dataloader.py 中可以看到 Python 层次两者的使用：

miniRecord = MiniReader(

"./",

batch_size=batch_size,

data_part_num=2,

part_name_suffix_length=3,

random_shuffle=True,

shuffle_after_epoch=True,

)

x, y = MiniDecoder(

miniRecord, name="d1"

)

以下，将介绍 C++ 层次如何实现 Data Reader 算子与 Data Preprocessor 算子。

Data Reader 算子

Data Reader 的类关系

需要实现一个继承自 DataReader 的类，该类包含了两个重要对象 loader_ 与 parser_，分别继承自 Dataset 与 Parser。

loader_ 的工作是从文件系统中读取数据至缓冲区，Op 作者通过重写 Next 方法编写这部分的逻辑
parser_ 的工作是将缓冲区中的数据，设置到 Op 的输出中，Op 作者通过重写 Parser 方法编写这部分的逻辑

当 Data Reader Op 工作时，会调用 loader_ 中的相关方法打开文件系统中的文件，并调用 loader_ 的 Next 方法按照 Op 作者预定的逻辑从文件系统读取数据，然后，再调用 parser_ 的 Parser 方法，将数据设置到 Op 的输出中。

以下的伪代码展示了以上类关系和调用过程，实际代码比伪代码要复杂，并不是一一对应的关系：

class DataReader{

void Read(user_op::KernelComputeContext* ctx) {

// 运行到此处，已经启动了多线程加速数据处理

loader->next();

parser_->Parse();

}

Dataset* loader_;

Parser* parser_;

};

class MiniDataReader : DataReader{

loader_ = new MiniDataSet;

parser_ = new MiniParser;

};

class MiniDataset: Dataset {

MiniDataset() {

//在文件系统中找到数据集，并打开文件，初始化输入流

//...

}

Next() {

// 从输入流中读取数据的逻辑

}

};

class MiniParser: Parser {

void Parse(){

// 将 DataSet 中的数据设置到 Op 的输出中

}

};

在 Data Reader Op 的 Kernel 中，会触发 DataReader 的 Read 方法，进而完成以上伪代码所展示的一连串操作。

以下针对 MiniReader 算子的真实代码进行解析。

Op 及 Kernel 注册

通过以下代码，注册了 MiniReader 的 Op：

REGISTER_CPU_ONLY_USER_OP("MiniReader")

.Output("out")

.Attr<std::string>("data_dir")

.Attr<std::int32_t>("data_part_num")

.Attr<std::string>("part_name_prefix", "part-")

.Attr<int32_t>("part_name_suffix_length", -1)

.Attr<int32_t>("batch_size")

.Attr<bool>("random_shuffle", false)

.Attr<bool>("shuffle_after_epoch", false)

.Attr<int64_t>("seed", -1)

.Attr<int32_t>("shuffle_buffer_size", 1024)

.SetTensorDescInferFn([](user_op::InferContext* ctx) -> Maybe<void> {

//...

*out_tensor->mut_shape() = Shape({local_batch_size, 2});

*out_tensor->mut_data_type() = DataType::kDouble;

//...

})

.SetGetSbpFn([](user_op::SbpContext* ctx) -> Maybe<void> {

ctx->NewBuilder().Split(ctx->outputs(), 0).Build();

//...

});

可以看到，因为 Data Reader 是比较特殊的 Op，只有输出，没有输入（数据来自文件系统，而不是神经网络中的某个上游节点），只通过 Out 方法设置了输出，并在 SetTensorDescInferFn 设置了输出的性质为每行2列，数据类为 DataType::kDouble。同理，在设置 SetGetSbpFn 中设置 SBP Signature 时，只需要设置输出的 SBP 属性，将其设置为 Split(0)。

而设置的各种属性（data_dir、data_part_num 等），沿用了 OFRecord 数据集中关于文件命名规范的要求，这使得可以复用 OneFlow 中已有的相关代码，像加载 OFRecord 数据集那样，加载自定义格式的文件。

接着看这个 Op 的 Kernel 实现：

class MiniReaderKernel final : public user_op::OpKernel {

public:

//...

std::shared_ptr<user_op::OpKernelState>

CreateOpKernelState(user_op::KernelInitContext* ctx) override{

std::shared_ptr<MiniReaderWrapper> reader(new MiniReaderWrapper(ctx));

return reader;

}

void Compute(user_op::KernelComputeContext* ctx,

user_op::OpKernelState* state) override {

auto* reader = dynamic_cast<MiniReaderWrapper*>(state);

reader->Read(ctx);

}

//...

};

REGISTER_USER_KERNEL("MiniReader")

.SetCreateFn<MiniReaderKernel>()

.SetIsMatchedHob((user_op::HobDeviceTag() == "cpu")

& (user_op::HobDataType("out", 0) == DataType::kDouble));

依据自定义 Op 一文中的知识，知道 MiniReaderKernel::Compute 负责 Op 的运算逻辑。不过此处使用使用的 Compute 是包含2个参数的重载，有必要介绍下它的第二个参数 OpKernelState。

当进行 Compute 时，有时除了从 ctx 获取的信息外，还需要维护一些其他的对象，这种对象不需要反复创建，其中的信息状态可能随着 Compute 多次调用而改变。为了应对这种需求，OneFlow 提供了2个参数的 Compute 的重载，为了使用它，必须同时重写 CreateOpKernelState，CreateOpKernelState 的作用是返回一个 user_op::OpKernelState 派生类对象，这个对象，将在 Compute 调用时，作为第二个参数传递。

为此，只需要将除 ctx 外想要维护的信息，封装为 user_op::OpKernelState 的派生类，并在 CreateOpKernelState 实例化并返回即可。

具体到实现的 Mini Reader 的 Kernel，先实现了一个继承自 user_op::OpKernelState 的类 MiniReaderWrapper，它是对 MiniDataReader 的简单封装，之所以封装一层 MiniReaderWrapper 而不直接使用 MiniDataReader，仅仅是为了符合以上所述的 OneFlow 框架要求。

class MiniReaderWrapper final : public user_op::OpKernelState {

public:

explicit MiniReaderWrapper(user_op::KernelInitContext* ctx) : reader_(ctx) {}

~MiniReaderWrapper() = default;

void Read(user_op::KernelComputeContext* ctx) { reader_.Read(ctx); }

private:

data::MiniDataReader reader_;

};

然后，重写 CreateOpKernelState，在其内部创建一个 MiniReaderWrapper 对象：

std::shared_ptr<user_op::OpKernelState>

CreateOpKernelState(user_op::KernelInitContext* ctx) override{

std::shared_ptr<MiniReaderWrapper> reader(new MiniReaderWrapper(ctx));

return reader;

}

这样，在适当的时机，OneFlow 就会自动调用 CreateOpKernelState 创建对象，并将其作为第2个参数传递给 Compute。可以在 Compute 中拿到这个对象，并使用：

auto* reader = dynamic_cast<MiniReaderWrapper*>(state);

reader->Read(ctx);

可以看到，在 MiniReader 的 Kernel 中，仅仅是简单调用了 MiniReaderWrapper::Reader，这会触发上文伪代码中所提及的 DataReader::Read 流程。

MiniDataReader

上文伪代码中已经提及，在 MiniDataReader 内部，会实例化一个 MiniDataset 并赋值给 loader_ 指针。以下是真实代码：

class MiniDataReader final : public DataReader<TensorBuffer> {

public:

MiniDataReader(user_op::KernelInitContext* ctx) : DataReader<TensorBuffer>(ctx) {

loader_.reset(new MiniDataset(ctx));

parser_.reset(new MiniParser());

if (ctx->Attr<bool>("random_shuffle")) {

loader_.reset(new RandomShuffleDataset<TensorBuffer>(ctx, std::move(loader_)));

}

int32_t batch_size = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("out", 0)->shape().elem_cnt();

loader_.reset(new BatchDataset<TensorBuffer>(batch_size, std::move(loader_)));

StartLoadThread();

}

};

可以看到，除了自己继承自 DataSet 的 MiniDataset 类之外，OneFlow 还内置了其他的 XXXDataSet，称为 修饰器 。

修饰器可以在已有的 DataSet 基础上增加额外功能，如以上的 BatchDataset 用于批量读取数据。DataSet 修饰器均在 user/data 目录，常见的修饰器有：

BatchDataset：用于批量读取数据
RandomShuffleDataset：用于将数据的顺序随机化
GroupBatchDataset：用于更定制化地组 batch，会把相同 group id 的数据实例放在同一个 batch 内
DistributedTrainingDataset：用于分布式的情况下，把一个 epoch 内的数据平均分配到不同节点读取
一切完成后，最后调用 StartLoadThread，顾名思义，启动加载线程，在 StartLoadThread 中，最终会触发重写的 MiniDataset::Next 方法。

以上 MiniDataReader 的构造，可以作为模板，没有特殊要求，在实现自定义的 DataLoader 过程中，不需要修改。

MiniDataset

对于 MiniDataSet，只需要关心它的构造函数以及重写的 Next 方法。

构造函数主要是通过 Attr 获取用户的配置，然后根据用户配置，初始化输入流。以下代码中的 JoinDirPath 内部，主要根据数据集文件名的约定（前缀、文件数目，文件名编号是否补齐等），获取所有的文件名称；而 InitInStream 是将数据集中的文件，都初始化为 OneFlow 封装的输入流（in_stream_ 成员），这在后续的 Next 方法中会使用。

MiniDataset(user_op::KernelInitContext* ctx) {

current_epoch_ = 0;

shuffle_after_epoch_ = ctx->Attr<bool>("shuffle_after_epoch");

//Join Dir Path

JoinDirPath(ctx);

// in stream

InitInStream(ctx);

}

从文件中加载的逻辑，写在 Next 虚函数中：

LoadTargetPtrList Next() override {

LoadTargetPtrList ret;

LoadTargetPtr sample_ptr(new TensorBuffer());

std::string sampleline;

if (in_stream_->ReadLine(&sampleline) != 0) {

ShuffleAfterEpoch();

in_stream_->ReadLine(&sampleline);

}

auto numbers = CommaSplit(sampleline);

sample_ptr->Resize(Shape({2}), DataType::kDouble);

auto pNums = sample_ptr->mut_data<double>();

pNums[0] = std::stod(numbers[0]);

pNums[1] = std::stod(numbers[1]);

ret.push_back(std::move(sample_ptr));

return ret;

}

在以上代码中，通过调用 in_stream_ 的 ReadLine 方法，将文件中的数据，读取至 string 对象 sampleline 中。然后通过 CommaSplit 等操作，将字符串按逗号分隔，并转为浮点数，放置到 TensorBuffer 对象中。

值得一提的是，in_stream_ 有2种方法从文件中读取数据，分别是：

int32_t PersistentInStream::ReadLine(std::string* l);

int32_t PersistentInStream::ReadFully(char* s, size_t n);

ReadLine 读取文件中的一行，至 l 对象；ReadFully 读取 n 个字节的数据，至 s 所指向的内存。均以0作为成功时的返回值。

MiniDataSet 完成从文件到内存缓冲区的工作，接着，将使用 MiniParser，将缓冲区中的内容，设置到 Op 的输出中。

MiniParser

MiniParser 继承自 Parser，只需要重写其中的 Parser 方法即可：

class MiniParser final : public Parser<TensorBuffer> {

public:

using LoadTargetPtr = std::shared_ptr<TensorBuffer>;

using LoadTargetPtrList = std::vector<LoadTargetPtr>;

void Parse(std::shared_ptr<LoadTargetPtrList> batch_data,

user_op::KernelComputeContext* ctx) override {

user_op::Tensor* out_tensor = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("out", 0);

double* dptr = out_tensor->mut_dptr<double>();

MultiThreadLoop(batch_data->size(), [&](size_t i) {

TensorBuffer* buffer = batch_data->at(i).get();

dptr[i*2]= *(buffer->data<double>());

dptr[i*2+1]= *(buffer->data<double>()+1);

});

}

};

Parser 包含2个参数，其中 batch_data 其实是一个封装了的 vecotr，这个容器内的每个元素，就是之前 MiniDataSet 通过 Next 读取的数据。参数 ctx 使得可以获取 Op 的信息，在这里，主要通过 ctx 获取输出，并获取指向输出缓冲区的指针 dptr。

注意，将 batch_data 中的数据设置到 Op 的输出 dptr 的过程中，使用了宏 MultiThreadLoop。MultiThreadLoop 可以让的循环逻辑在多线程中执行，它接受2个参数，第一个参数为循环的总次数；第二个参数是一个回调函数，原型为 void callback(size_t i)，OneFlow 会创建多个线程，然后并发调用这个回调函数。回调函数的参数 i 表明了当前循环的序号，使得可以根据 i 来划分数据，完成自己的业务逻辑。

在以上的代码中，通过 batch_data->at(i).get() 获取了缓冲区的第 i 个的数据，然后将其设置到输出的内存区的第 i 行的位置，一共2列。

Data Preprocessor 算子

Data Preprocessor 算子，其实就是一种普通的算子，接受 DataReader 的输出作为自己的输入，然后通过运算后，输出一个或者多个 Blob。

在 ofrecord_decoder_ops.cpp 可以看到针对 OFRecord 数据的各种预处理操作（以解码为主）。

的 Mini Dataloader 处理的数据比较简单，因此 MiniDecoder 所做的工作也很简单，仅仅是将 DataReader 所输出的每行2列的数据，拆分为2个每行1列的输出 x 与 y。

Mini Decoder 的 Op 注册为：

REGISTER_CPU_ONLY_USER_OP("mini_decoder")

.Input("in")

.Output("x")

.Output("y")

.SetTensorDescInferFn([](user_op::InferContext* ctx) -> Maybe<void> {

user_op::TensorDesc* in_tensor = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("in", 0);

user_op::TensorDesc* out_tensor_x = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("x", 0);

user_op::TensorDesc* out_tensor_y = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("y", 0);

// 设置输入输出 Blob 的属性

// ...

})

.SetGetSbpFn([](user_op::SbpContext* ctx) -> Maybe<void> {

ctx->NewBuilder()

.Split(user_op::OpArg("in", 0), 0)

.Split(user_op::OpArg("x", 0), 0)

.Split(user_op::OpArg("y", 0), 0)

.Build();

//...

});

Mini Decoder 的 Kernel 的实现：

class MiniDecoderKernel final : public user_op::OpKernel {

//...

void Compute(user_op::KernelComputeContext* ctx) const override {

user_op::Tensor* in_blob = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("in", 0);

user_op::Tensor* out_blob_x = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("x", 0);

user_op::Tensor* out_blob_y = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("y", 0);

int64_t record_num = in_blob->shape().At(0);

const double* input = in_blob->dptr<double>();

double* out_dptr_x = out_blob_x->mut_dptr<double>();

double* out_dptr_y = out_blob_y->mut_dptr<double>();

MultiThreadLoop(record_num, [&](size_t i){

*(out_dptr_x + i) = *(input+i*2);

*(out_dptr_y + i) = *(input+i*2 + 1);

});

}

//...

};

可见，在 MiniDecoderKernel::Compute 中主要是获取到输入 in_blob，然后在多线程循环 MultiThreadLoop 中，将输入的数据拆分到 out_dptr_x 与 out_dptr_y 中，分别对应了输出 x 与 y。

自定义 DataLoader 的使用

如自定义 Op 一文中所描述，要使用 C++ 层编写的 Op，还需要在 Python 层封装一个 Python Wrapper。这些工作放到了 test_mini_dataloader.py中：

def MiniDecoder(

input_blob,

name = None,

if name is None:

name = "Mini_Decoder_uniqueID"

return (

flow.user_op_builder(name)

.Op("mini_decoder")

.Input("in", [input_blob])

.Output("x")

.Output("y")

.Build()

.InferAndTryRun()

.RemoteBlobList()

)

def MiniReader(

minidata_dir: str,

batch_size: int = 1,

data_part_num: int = 2,

part_name_prefix: str = "part-",

part_name_suffix_length: int = -1,

random_shuffle: bool = False,

shuffle_after_epoch: bool = False,

shuffle_buffer_size: int = 1024,

name = None,

if name is None:

name = "Mini_Reader_uniqueID"

return (

flow.user_op_builder(name)

.Op("MiniReader")

.Output("out")

.Attr("data_dir", minidata_dir)

.Attr("data_part_num", data_part_num)

.Attr("batch_size", batch_size)

.Attr("part_name_prefix", part_name_prefix)

.Attr("random_shuffle", random_shuffle)

.Attr("shuffle_after_epoch", shuffle_after_epoch)

.Attr("part_name_suffix_length", part_name_suffix_length)

.Attr("shuffle_buffer_size", shuffle_buffer_size)

.Build()

.InferAndTryRun()

.RemoteBlobList()[0]

)

在 test_mini_dataloader.py 中，使用自己实现的 MiniReader 与 MiniDecoder 加载并解码了数据集（part-000 与 part-001）中的数据，完成了一次训练。

Mini Dataloader 的编译与测试¶

进入到本文对应的 data_loader 目录。修改 Makefile 文件中的 ONEFLOW_ROOT 变量为 OneFlow 源码路径。然后通过

make

可生成 miniloader.so 文件。

然后运行 test_mini_dataloader.py 脚本，可以使用 Mini Dataloader 加载数据并完成训练。

python test_mini_dataloader.py

posted @ 2021-02-16 06:47 吴建明wujianming 阅读(140) 评论(0) 编辑收藏举报

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吴建明

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