scGPT环境配置过程
第一步:安装创建一个新的环境
conda create -n scgpt
第二步:进入scgpt环境 安装python、r-base、r-devtools
conda activate scgpt
conda install python=3.7.14 r-base=3.6.1 r-devtools
第三步:使用pip安装flash-attn(版本1.0.5)和orbax(版本0.1.0),以及wandb
pip install flash-attn==1.0.5
pip install orbax==0.1.0
pip install wandb
第四步:使用pip安装scGPT的其他包
pip install scgpt
安装数据下载的包:cellxgene-census(1.2.1版本适合python3.7版本,1.2.1以上版本适合python3.8)
pip install cellxgene-census==1.2.1
完