scGPT环境配置过程

第一步:安装创建一个新的环境

conda create -n scgpt

第二步:进入scgpt环境 安装python、r-base、r-devtools

conda activate scgpt

conda install python=3.7.14 r-base=3.6.1 r-devtools

第三步:使用pip安装flash-attn(版本1.0.5)和orbax(版本0.1.0),以及wandb

pip install flash-attn==1.0.5

pip install orbax==0.1.0

pip install wandb

第四步:使用pip安装scGPT的其他包

pip install scgpt

安装数据下载的包:cellxgene-census(1.2.1版本适合python3.7版本,1.2.1以上版本适合python3.8)

pip install cellxgene-census==1.2.1

posted @ 2023-09-12 10:43  wuhaoliu  阅读(15)  评论(0)    收藏  举报  来源